Package: med-bio (3.8.1)

Links for med-bio

Debian Resources:

Download Source Package debian-med:

Maintainers:

Similar packages:

Debian Med - pakker for bioinformatik

Denne metapakke vil installere Debianpakker til brug indenfor molekylær biologi, strukturel biologi og andre biologiske videnskaber.

Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian

Other Packages Related to med-bio

depends

recommends

suggests

enhances

dep: med-config (= 3.8.1)

Debian Med - generel konfigurationspakke
dep: med-tasks (= 3.8.1)

Debian Med-opgaver for tasksel

rec: abacas

Luk huller i genomsammenligninger fra korte læsninger
rec: abpoa

Adaptiv båndet Partial Order Alignment
rec: abyss

De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger
rec: acedb-other

Package not available
rec: adapterremoval

Hurtig adaptertrimming, identifikation og læsesammenføjning af gensekvenser
rec: adun-core

Molekylær simulator
rec: aegean

Integreret værktøjssæt til analyse af arvemasse
rec: aevol

Digital genetisk model til at udføre evolutionseksperimenter i silico
rec: alien-hunter

Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA
rec: alter-sequence-alignment

ALignment Transformation EnviRonment for arvemassesekvener
rec: altree

Program til at udføre fylogeni-baserede forenings- og lokaliseringsanalyse
rec: amap-align

Proteinflerjustering af sekvensudglødning
rec: ampliconnoise

Package not available
rec: andi

Effektiv estimering af evolutionære afstande
rec: any2fasta

Konverter diverse sekvensformater til FASTA
rec: aragorn

tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser
rec: arden

Specificitetskontrol for læse sammenligninger ved anvendelse af en kunstig reference
rec: ariba

Antibiotic Resistance Identification By Assembly
rec: art-nextgen-simulation-tools

Simuleringsværktøjer til at oprette syntetiske næstegenerationssekventeringslæsninger
rec: artemis

Arvemassebrowser og annotationsværktøj
rec: artfastqgenerator

Viser kunstige FASTQ-filer afledt fra et referencegenom
rec: assembly-stats

Hent assembly-statistik fra FASTA- og FASTQ-filer
rec: assemblytics

Registrer og analyser strukturelle varianter fra en genomsamling
rec: atac

Samling til samling-sammenligning for genomer
rec: ataqv

ATAC-seq QC og visualisering
rec: atropos

NGS-læseoprydningsværktøj som er specifik, sensitiv og hurtig
rec: augur

Datakanalkomponenter for realtids viraanalyse
rec: augustus

Genforudsigelse i eukaryote genomer
rec: autodock

Analyse af ligand-binding til proteinstruktur
rec: autodock-vina

Dokning af små molekyler til proteiner
rec: autogrid

Beregn på forhånd liganders binding til deres receptor
rec: avogadro

Molekylært grafik- og modelsystem
rec: axe-demultiplexer

Trie-baseret DNA-sekventerende læsningsdemultiplexer
rec: baitfisher

Programpakke til design af hybride berigelsessonder
rec: bali-phy

Bayesiansk inferens for justering og fylogeni
rec: ballview

Package not available
rec: bamclipper

Fjern gen-specifikke primer-sekvenser fra SAM/BAM-sammenligninger
rec: bamkit

Værktøjer for fælles BAM-filmanipulationer
rec: bamtools

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
rec: bandage

Bioinformatikprogram til nemt at navigere de novo-samlingsgrafer
rec: barrnap

Hurtig ribosomal RNA-forudsigelse
rec: bbmap

BBTools - genom-sammenligningsprogram og andre værktøjer for korte sekvenser
rec: bcalm

De Bruijn-komprimering i lav hukommelse
rec: bcftools

Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
rec: beads

Package not available
rec: beagle

Genotypekald, genotypefase og imputering af ikke genotype-markører
rec: beast-mcmc

Bayesiansk MCMC-fylogenetisk inferens
rec: beast2-mcmc

Bayesiansk MCMC-fylogenetisk inferens
rec: bedops

Højtydende genomisk funktionsoperationer
rec: bedtools

Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
rec: belvu

Fremviser for flere sekvenssammenligninger og et fylogenetisk værktøj
rec: berkeley-express

Strømkvantificering til sekventering med høj gennemløb
rec: bio-eagle

Haplotype-udfasning inden for en genotypekohorte eller ved hjælp af et trinvist henvisningspanel
rec: bio-rainbow

Klyngeopsætning og samling af korte læsninger for bioinformatik
rec: bio-tradis

Analyser resultatet fra TraDIS-analyser med genomsekvenser
rec: bio-vcf

Domain specific language (DSL) for behandling af VCF-formatet
rec: bioawk

Udvidelse af awk for biologisk sekvensanalyse
rec: biobambam2

Værktøjer for tidlig trin behandling af sammenligningsfil
rec: biosyntax

Syntaksfremhævelse for beregningsbiologi - metapakke
rec: bitseq

Bayesiansk udledning af transkripter fra sekvensdata
rec: blasr

Package not available
rec: blixem

Interaktiv browser for sekvenssammenligninger
rec: bolt-lmm

Effektiv stor kohorte-genom-bredt bayesiansk blandet-model tilknytningstest
rec: bowtie

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
rec: bowtie2

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
rec: boxshade

Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
rec: bppphyview

Bio++ Phylogenetic Viewer
rec: bppsuite

Programpakke for Bio++
rec: brig

BLAST Ring Image Generator
rec: btllib-tools

Bioinformatics Technology Lab - biblioteksværktøjer for fælles kode
rec: busco

Sammenligningssæt af universelle ortologer i en enkelt kopi
rec: bustools

Program til at manipulere BUS-filer for encellede RNA-seq-datasæt
rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
rec: canu

Package not available
rec: cassiopee

Indeks- og søgeværktøj i arvemassesekvenser
rec: cat-bat

Taksonomisk klassifikation af contigs og metagenom-samlede genomer (MAG'er)
rec: cct

Visuelt sammenligne bakterie-, plasmid-, chloroplast- eller mitokondrie sekvenser
rec: cd-hit

Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
rec: cdbfasta

Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer
rec: centrifuge

Hurtigt og hukommelseseffektivt system til klassifikation af DNA-sekvenser
rec: cgview

Cirkulær genomfremviser
rec: changeo

Repertoire klonal assignment toolkit - Python 3
rec: chimeraslayer

Detekterer sandsynlige kimærer i PCR-amplificeret DNA
rec: chromhmm

Kromatintilstandsregistrering og karakterisering
rec: chromimpute

Systematisk epigenom-imputation i stor skala
rec: cif-tools

Pakke af værktøjer til at manipulere, validere og forespørge mmCIF-filer
rec: circlator

Package not available
rec: circos

Plotprogram for visualisering af data
rec: clearcut

Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion
rec: clonalframe

Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata
rec: clonalframeml

Effektiv følgeslutning for rekombination i hele bakterielle genomer
rec: clonalorigin

Følgeslutning af homolog rekombination i bakterier ved anvendelse af hele genomsekvenser
rec: clustalo

Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
rec: clustalw

Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
rec: clustalx

Flere sammenligninger af nukledie syre- og proteinsekvenser - grafisk brugerflade
rec: cnvkit

Kopier nummervariantregistrering fra målrettet DNA-sekventering
rec: codonw

Korrespondanceanalyse af Codonanvendelse
rec: comet-ms

Tandem-massespektrometri (MS/MS) - søgemaskine
rec: concavity

Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring
rec: conservation-code

Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens
rec: covtobed

Konverter coverage-sporet fra en BAM-fil til en BED-fil
rec: crac

Integreret RNA-Seq-læsanalyse
rec: csb

Computational Structural Biology Toolbox (CSB)
rec: cutadapt

Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb
rec: cutesv

Omfattende registrering af strukturelle variationer af genomsekvenser
rec: daligner

Lokal tilpasningsregistrering mellem lange nukleotidsekventeringslæsninger
rec: damapper

Lang læsning til reference genom-oversættelsesværktøj
rec: datamash

Statistisk værktøj for kommandolinjegrænseflader
rec: dawg

Simuler udviklingen af rekombinante DNA-sekvenser
rec: dazzdb

Håndter data for nukleotidsekventeringslæsning
rec: delly

Strukturel variantregistrering af læseanalyse
rec: density-fitness

Beregner pr. rest elektrontæthedsbedømmelser
rec: dextractor

(Ud)pakker og kompressionskommandobibliotek
rec: dialign

Segmentbaseret flersekvensjustering
rec: dialign-tx

Segmentbaseret flersekvensjustering
rec: diamond-aligner

Accelereret BLAST-kompatibel lokal sekvenssammenligner
rec: discosnp

Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt
rec: disulfinder

Cysteines disulfidbindingtilstand og forbindelsesprædiktor
rec: dnaclust

Værktøj til klyngedannelse af korte DNA-sekvenser
rec: dnarrange

Metode til at finde omlægninger i lange DNA-læsninger relativt til en genomsekvens
rec: dotter

Detaljeret sammenligning af to genomsekvenser
rec: drop-seq-tools

Analyse af drop-seq-data
rec: dssp

Sekundære proteinstruktur-opgave baseret på 3D-struktur
rec: dwgsim

Simulator til kort sekventeringslæsninger
rec: e-mem

Effektiv beregning af Maximal Exact Matches for meget store genomer
rec: ea-utils

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata
rec: ecopcr

Estimer PCR-stregkodeprimers kvalitet
rec: edtsurf

Triangulerede mesh-overflader til proteinstrukturer
rec: eigensoft

Reduktion af befolkningsbias for genetiske analyser
rec: elph

DNA/protein-sekvens motif finder
rec: embassy-domainatrix

Ekstra EMBOSS-kommandoer til håndtering af domæneklassifikationsfil
rec: embassy-domalign

Ekstra EMBOSS-kommandoer til proteindomæne-justering
rec: embassy-domsearch

Ekstra EMBOSS-kommandoer til søgning i proteindomæner
rec: emboss

Programpakke til europæisk molekylærbiologi
rec: emmax

Genetisk oversættelse der tager højde for populationsstruktur
rec: estscan

ORF-uafhængig detektor for kodning af DNA-sekvenser
rec: examl

Exascale Maximum Likelihood-kode (ExaML) for fylogenetisk følgeslutning
rec: exonerate

generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning
rec: fasta3

Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser
rec: fastahack

Redskab for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer
rec: fastani

Hurtig sammenligningsfri beregning af whole-genome Average Nucleotide Identity
rec: fastaq

Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer
rec: fastdnaml

Værktøj for konstruktion af fylogentiske træer for DNA-sekvenser
rec: fastlink

Hurtigere version af pedigree-programmer for Linkage
rec: fastml

Maximum likelihood-nedarvet aminosyresekvensgenopbygning
rec: fastp

Ultrahurtig alt i en FASTQ-forbrænder
rec: fastq-pair

Genskriver paried end-fastq så alle læsninger har en partner til at udskille singletons
rec: fastqc

Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata
rec: fastqtl

Quantitative Trait Loci-oversætter (QTL) i cis for molekylære fænotyper
rec: fasttree

Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
rec: ffindex

Simpelt indeks/database for store mængder af små filer
rec: figtree

Grafisk fylogenetisk træfremviser
rec: filtlong

Kvalitetsfiltreringsværktøj for lange læsninger af genomsekvenser
rec: fitgcp

Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller
rec: flash

Fast Length Adjustment of SHort reads
rec: flexbar

Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme
rec: flye

De novo-samler for enkeltt molekylær sekventeringslæsninger via repeat-grafer
rec: fml-asm

Værktøj til at samle Illuminakorte læsninger i små områder
rec: freebayes

Package not available
rec: freecontact

Hurtig protein-kontaktprædiktor
rec: fsa

Hurtig statistisk sammenligning af protein-, RNA- eller DNA-sekvenser
rec: fsm-lite

Frekvensbaseret strengminering - lite
rec: gamgi

Package not available
rec: garli

Package not available
rec: garlic

Visualiseringsprogram for biomolekyler
rec: gasic

Lighedskorrektion for arvemasseoverflod
rec: gatb-core

Genomanalyseværktøjskasse med de-Bruijn-graf
rec: gbrowse

GMOD Generic Genome Browser
rec: gdpc

visualiseringsprogram til simulering af molekylær dynamik
rec: gemma

Genome-wide Efficient Mixed Model Association
rec: genometester

Værktøjssæt til at udføre sætoperationer på k-mer-lister
rec: genomethreader

Programværktøj til at beregne genstrukturforudsigelser
rec: genometools

Alsidigt værktøjs til arvemasseanalyse
rec: genomicsdb-tools

Package not available
rec: gentle

Programpakke til molekylær kloning og sekvensanalyse
rec: gff2aplot

Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript
rec: gff2ps

laver PostScript-grafisk uddata fra GFF-filer
rec: gffread

GFF/GTF-formatkonverteringer, regionsfiltrering, FASTA-sekvensudtræk
rec: ggd-utils

Programmer til brug i ggd
rec: ghemical

Package not available
rec: ghmm

Generelt Hidden-Markov-Model-bibliotek - værktøjer
rec: glam2

Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser
rec: gmap

Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger
rec: grabix

Wee-værktøj for vilkårlig adgang i BGZF-filer
rec: graphlan

Cirkulære repræsentationer af taksonomiske og fylogenetiske træer
rec: grinder

Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator
rec: gromacs

Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer
rec: gsort

Sorter genomiske data
rec: gubbins

Fylogenetisk analyse af genomsekenser
rec: gwama

Genome-Wide Association Meta Analysis
rec: harvest-tools

Arkivering og efterbehandling for referencekomprimerede genomiske fler-justeringer
rec: hhsuite

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
rec: hilive

Package not available
rec: hinge

Assembler til læsning af lange genomer baseret på hinging
rec: hisat2

Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
rec: hmmer

Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
rec: hmmer2

Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
rec: hyphy-mpi

Hypotesetest ved hjælp af fylogenier - MPI-version

or hyphy-pt

Hypotesetest ved hjælp af fylogenier - pthreads-version
rec: idba

Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
rec: igblast

Immunoglobulin og T-cellereceptor variabelt domænesekvensanalyse
rec: igor

Infers V(D)J-rekombinationsproces fra sekvensdata
rec: igv

Integrative Genomics Viewer
rec: indelible

Funktionsrig og fleksibel simulator for biologisk evolution
rec: infernal

Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger
rec: insilicoseq

Sekventeringssimulator der fremstiller realistiske Illumina-læsninger
rec: ipig

Integrering af PSM'er til arvemassebrowservisualiseringer
rec: iqtree

Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed
rec: iva

Iterativ virussekvensassembler
rec: jaligner

Smith-Waterman-algoritme med Gotohs forbedring
rec: jalview

Redigeringsprogram for flere sammenligninger
rec: jellyfish

Tæl k-mers i DNA-sekvenser
rec: jellyfish1

Tæl k-mers i DNA-sekvenser
rec: jmodeltest

HPC-udvalg af modeller for nukleotid substitution
rec: jmol

Molekylær fremviser
rec: kalign

Global og progressiv flersekvensjustering
rec: kallisto

Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering
rec: kaptive

Indhent information om K- og O-typer for Klebsiella-genomsamlinger
rec: khmer

Package not available
rec: kineticstools

Detektion af DNA-ændringer
rec: king-probe

Evaluer og visualiser pakning af proteiners interne atomare opbygning
rec: kissplice

Detektion af diverse slags polymorfismer i RNA-sekvensdata
rec: kleborate

Værktøj til at screene Klebsiella-genomsamlinger
rec: kma

Sammenlign genomsekvenser med rå læsninger direkte mod redundante databaser
rec: kmc

Tæl kmers i arvemassesekvenser
rec: kmer

Programpakke med værktøjer for DNA-sekvensanalyse
rec: kmerresistance

Korrelerer kortlagte gener med de forudsagte arter for WGS-prøver
rec: kraken

Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser
rec: kraken2

Taksonomisk klassifikationssystem der bruger præcise k-mer-træffere
rec: lagan

Parameteropsat parvist og globalt sammenligningsprogram for genomsekvenser
rec: lamarc

Sandsynlighedsanalyse med Metropolisalgoritme via tilfældig sammenblanding
rec: lamassemble

Merges overlapping "long" DNA reads into a consensus sequences
rec: lambda-align

Lokal sammenligningsprogram for Massive Biological DatA
rec: lambda-align2

Local Aligner for Massive Biological DatA - version 2
rec: last-align

sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
rec: lastz

Parvis sammenligning af DNA-sekvenser
rec: leaff

Redskaber og programmer for biologisk sekvensbibliotek
rec: lefse

Bestem funktioner for organismer, grupper, taksonomiske enheder, gener
rec: libpwiz-tools

Package not available
rec: librg-utils-perl

Fortolkere og redskaber til formatkonvertering brugt af (f.eks.) profphd
rec: libvcflib-tools

C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - værktøjer
rec: lighter

Hurtig og hukommelseseffektiv program til rettelse af sekventeringsfejl
rec: logol

Package not available
rec: loki

MCMC-koblingsanalyse vedrørende generelle stamtavler
rec: ltrsift

Efterbehandling og klassifikation af LTR-retrotransposons
rec: lucy

DNA-værktøj til sekvenskvalitet og vektortrimning
rec: lumpy-sv

Generel sandsynlighedsramme for strukturel variantregistrering
rec: macs

Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser
rec: macsyfinder

Registrering af makromolekylære systemer i proteindatasæt
rec: maffilter

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format
rec: mafft

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
rec: malt

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
rec: mapdamage

Registrering og kvantificering af skademønstre i ældre DNA-sekvenser
rec: mapsembler2

Bioinformatik målrettet programmer til samling
rec: maq

kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser
rec: maqview

Grafisk fremviser for læsesammenligninger for korte gensekvenser
rec: mash

Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash
rec: massxpert

Package not available
rec: mauve-aligner

Sammenligning af flere genomer
rec: mcaller

find methylation in nanopore reads
rec: mecat2

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
rec: megadepth

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files
rec: megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
rec: megan-ce

interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data
rec: melting

beregn smeltepunktet for nukleinsyre-duplekser
rec: meryl

Tælning og redskaber til ind og ud af kerne i kmer
rec: metabat

Robust statistisk ramme for rekonstruktion af genomer fra metagenomiske data
rec: metaphlan

Metagenomic Phylogenetic Analysis
rec: metastudent

Indikator for genontologivilkår fra proteinsekvens
rec: mhap

Lokalitetsfølsom hashing for at registrere long-read-overlap
rec: microbegps

Udforskende taksonomisk profileringsværktøj til metagenomiske data
rec: microbiomeutil

Microbiome - analyseredskaber
rec: mindthegap

Package not available
rec: minexpert2

MS^n-massespektrometrisk datavisualisering og mining - kørselstid
rec: minia

Kort-læst biologisk sekvensamler
rec: miniasm

Ultrahurtig de novo assembler for lange støjfyldte DNA-sekvenslæsninger
rec: minimac4

Fast Imputation baseret på State Space Reduction HMM
rec: minimap

Værktøj til omtrentlig oversættelse af lange biosekvenser såsom DNA-læsninger
rec: minimap2

Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser
rec: mipe

Værktøjer til at gemme PCR-afledte data
rec: mira-assembler

Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler
rec: mirtop

Mærk miRNA'er med et standardnavn mirna/isomir
rec: mlv-smile

Package not available
rec: mmb

Modelopbyg strukturen og dynamikkerne for makromolekyler
rec: mmseqs2

Ultra hurtig og sensitiv proteinsøgning og klyngeopbygning
rec: mosdepth

Package not available
rec: mothur

Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota
rec: mptp

single-locus species delimitation
rec: mrbayes

Bayesiansk inferens for fylogeni
rec: multiqc

Vis integration for RNS-sekventering på tværs af værktøjer og prøver
rec: mummer

Effektiv sekvensjustering for hele genomer
rec: murasaki

Detektionsværktøj for homologi på tværs af flere store genomer

or murasaki-mpi

Afsløringsværktøj for homologi på tværs af flere store genomer - MPI-udgave
rec: muscle

Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
rec: muscle3

Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
rec: mustang

Strukturel justering på flere måder af proteiner
rec: nanofilt

filtering and trimming of long read sequencing data
rec: nanolyse

remove lambda phage reads from a fastq file
rec: nanook

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data
rec: nanopolish

Konsensuskalder for nanopore-sekvensdata
rec: nanostat

Package not available
rec: nanosv

Strukturel variantkalder for nanopore-data
rec: nast-ier

NAST-baseret DNA-sammenligningsværktøj
rec: ncbi-acc-download

Hent genomfiler fra NCBI ved tiltrædelse
rec: ncbi-blast+

Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
rec: ncbi-blast+-legacy

NCBI Blast-forældet kaldskript
rec: ncbi-entrez-direct

NCBI Entrez-redskaber på kommandolinjen
rec: ncbi-epcr

Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder
rec: ncbi-seg

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences
rec: ncbi-tools-bin

NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber
rec: ncbi-tools-x11

NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - X-baserede redskaber
rec: ncl-tools

Værktøj til at håndtere NEXUS-filer
rec: ncoils

Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse
rec: neobio

Beregner opstillinger af aminosyre- og nukleotidsekvenser
rec: ngmlr

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
rec: njplot

Fylogenetisk trætegningsprogram
rec: norsnet

tool to identify unstructured loops in proteins
rec: norsp

predictor of non-regular secondary structure
rec: ntcard

Strømalgoritme til at estimere kardinalitet i genomiske datasæt
rec: nxtrim

Optimeret justering af Illumina mate-parlæsninger
rec: obitools

Programmer til at analysere NGS-data i en DNA-metabarcoding-kontekst
rec: openms

Pakke for LC/MS-datahåndtering og -analyse
rec: optimir

Integration af genetiske varianter i miRNA-sammenligning
rec: pal2nal

Konverterer proteiner til genomisk DNA-sammenligning
rec: paleomix

Datakanaler og værktøjer til at behandle ældre og moderne HTS-data
rec: paml

Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)
rec: paraclu

Parametrisk klyngedannelse af genomiske og transkriptomfunktioner
rec: parasail

Sammenligning baseret på libparasail
rec: parsinsert

Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer
rec: parsnp

Hurtig grundlæggende gensammenligning
rec: patman

Hurtig sammenligning af korte sekvenser med store databaser
rec: pbdagcon

sequence consensus using directed acyclic graphs
rec: pbhoney

Package not available
rec: pbjelly

Package not available
rec: pbsim

Simulator for PacBio-sekvenslæsninger
rec: pbsuite

Package not available
rec: pdb2pqr

Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger
rec: perlprimer

Grafisk design af primere for PCR
rec: perm

Effektiv kortlægning af korte læsninger med periodiske fordelte seedninger
rec: pftools

Byg og søg protein- og DNA-generaliserede profiler
rec: phast

phylogenetic analysis with space/time models
rec: phipack

PHI-test og andre test med rekombination
rec: phybin

binning/clustering newick trees by topology
rec: phylip

Programpakke for udledning af fylogenier
rec: phylonium

Hurtig og præcis estimering af evolutionære afstande
rec: phyml

Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood
rec: physamp

sample sequence alignment corresponding to phylogeny
rec: phyutility

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
rec: phyx

Fylogenetiske analyser på træer og sekvenser i UNIX-stil
rec: picard-tools

Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
rec: picopore

Kompression uden kvalitetstab af Nanopore-filer
rec: pigx-rnaseq

pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
rec: piler

Genomisk gentagelsesanalyse
rec: pilercr

Program til at finde CRISPR-gentagelser
rec: pilon

automated genome assembly improvement and variant detection tool
rec: pinfish

Collection of tools to annotate genomes using long read transcriptomics data
rec: pique

software pipeline for performing genome wide association studies
rec: pirs

Profilbaseret Illumina-læsesimulator for pair-end
rec: pizzly

Identificerer genfusioner i RNA-sekventeringsdata
rec: placnet

Plasmid Constellation Network-projekt
rec: plasmidid

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
rec: plasmidomics

Tegn plasmider og vektorkort med PostScript-grafikeksport
rec: plasmidseeker

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads
rec: plast

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool
rec: plink

Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
rec: plink1.9

Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
rec: plink2

Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
rec: plip

fully automated protein-ligand interaction profiler
rec: poa

Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
rec: populations

Program til befolkningsgenetik
rec: porechop

Adaptertrimmer for Oxford Nanopore-læsninger
rec: poretools

Værktøjssæt til nanopores nukleotidsekventeringsdata
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: predictnls

Forudsigelse og analyse af proteinnukleare lokaliseringssignaler
rec: presto

Værktøjssæt til at behandle B- og T-cellesekvenser
rec: prime-phylo

Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet
rec: primer3

Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation
rec: prinseq-lite

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)
rec: proalign

Probabilistic multiple alignment program
rec: probabel

Værktøjssæt for Genome-Wide Association Analysis
rec: probalign

Multiple sekvensjustering med brug partitionsfunktionel posteriore sandsynligheder
rec: probcons

Flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
rec: proda

multi-sammenligning af protein-sekvenser
rec: prodigal

Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram
rec: profbval

Forudsigelse for fleksible/stive proteinrester fra sekvens
rec: profisis

Forudsigelse af protein-protein interaktionssider fra sekvens
rec: profnet-bval

Neural netværksarkitektur for profbval
rec: profnet-chop

Neural netværksarkitektur for profchop
rec: profnet-con

Neural netværksarkitektur for profcon
rec: profnet-isis

Neural netværksarkitektur for profisis
rec: profnet-md

Neuralt netværksarkitektur for metadisorder
rec: profnet-norsnet

Neural netværksarkitektur for norsnet
rec: profnet-prof

Neural netværksarkitektur for profacc
rec: profnet-snapfun

Neural netværksarkitektur for snapfun
rec: profphd-net

Neural netværksarkitektur for profphd
rec: profphd-utils

Profphd-hjælperedskaberne convert_seq og filter_hssp
rec: proftmb

Per rest forudsigelse af bakterielle transmembrane beta-tønder
rec: progressivemauve

Sammenligningsalgoritmer for flere genomer
rec: prokka

Hurtig annotaton af prokaryotiske genomer
rec: proteinortho

Registrering af (Co-)ortologer i storskala proteinanalyse
rec: prottest

selection of best-fit models of protein evolution
rec: provean

Package not available
rec: pscan-chip

ChIP-based identifcation of TF binding sites
rec: pscan-tfbs

search for transcription factor binding sites
rec: psortb

Package not available
rec: pullseq

Udtræk sekvens fra en fasta eller fastq
rec: pycoqc

computes metrics and generates Interactive QC plots
rec: pycorrfit

Værktøj for tilpasning af korrelationskurver på et logaritmisk plot
rec: pyensembl

installs data from the Ensembl genome database
rec: pyfastx

Hurtig vilkårlig adgang til sekvenser fra FASTA/Q-fil - kommando
rec: pymol

System til molekylærgrafik
rec: pyscanfcs

Videnskabeligt værktøj til vinkelret linjeskanning FCS
rec: python3-biomaj3-daemon

BioMAJ-dæmonbibliotek
rec: python3-cogent3

Package not available
rec: python3-emperor

visualizing high-throughput microbial community data
rec: python3-geneimpacts

Omslutter kommandolinjeværktøjer for at tilgå varianter i gensekvenser
rec: python3-gffutils

Arbejd med GFF- og GTF-filer i en fleksibel databaseramme
rec: python3-pairtools

Ramme til at behandle sekventeringsdata fra et Hi-C-eksperiment
rec: python3-pybedtools

Python 3-omslag omkring BEDTools for bioinformatikarbejde
rec: python3-sqt

SeQuencing-værktøjer for biologiske DNA/RNA-data med høj gennemløb
rec: python3-treetime

Inferens af tidsstemplede fylogenier og forfædres rekonstruktion - Python 3
rec: pyvcf

Hjælpeskripter for Variant Call Format-fortolkeren (VCF)
rec: qcat

Demultiplexing Oxford Nanopore-læsninger fra FASTQ-filer
rec: qcumber

Kvalitetskontrol af genomsekvenser
rec: qiime

Package not available
rec: qtltools

Værktøjssæt for molekylær QTL-registrering og analyse
rec: quicktree

Neighbor-Joining-algoritme for fylogenier
rec: quorum

QUality Optimized Reads of genomic sequences
rec: qutemol

interaktiv visualisering af makromolekyler
rec: r-bioc-annotate

BioConductor-annotation for microarray'er
rec: r-bioc-biostrings

GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser
rec: r-bioc-cner

CNE-registrering og visualisering
rec: r-bioc-cummerbund

Værktøjer for analyse af Cufflinks RNA-Seq-uddata
rec: r-bioc-deseq2

R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse
rec: r-bioc-ebseq

R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse
rec: r-bioc-edger

Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R
rec: r-bioc-genefilter

Metoder for filtrering af gener fra microarray-eksperimenter
rec: r-bioc-geoquery

Hent data fra NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
rec: r-bioc-hilbertvis

GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata
rec: r-bioc-htsfilter

GNU R-filter replikeret høj-gennemløb transkriptom sekventeringsdata
rec: r-bioc-impute

Imputering for microarray-data
rec: r-bioc-limma

Lineære modeller for microarray-data
rec: r-bioc-megadepth

BioCOnductor BigWig og BAM-relaterede redskaber
rec: r-bioc-mergeomics

Integrerende netværksanalyse af omics-data
rec: r-bioc-metagenomeseq

GNU R-statistisk analyse for tynd høj-gennemløb sekventering
rec: r-bioc-mofa

Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
rec: r-bioc-multiassayexperiment

Program for integration af multi-omics-eksperimenter i BioConductor
rec: r-bioc-mutationalpatterns

GNU R-omfattende genom-udbredt analyse af mutationsprocesser
rec: r-bioc-pcamethods

BioConductor-samling af PCA-metoder
rec: r-bioc-phyloseq

GNU R-håndtering og analyse af høj-gennemløb microbiome censusdata
rec: r-bioc-rtracklayer

GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor
rec: r-bioc-scater

Package not available
rec: r-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
rec: r-cran-adegenet

GNU R-undersøgende analyse af genetisk og genomdata
rec: r-cran-adephylo

GNU R-sonderende analyser for den fylogenetiske kompatrative metode
rec: r-cran-alakazam

Immunoglobulin Clonal Lineage og Diversity Analysis
rec: r-cran-ape

GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution
rec: r-cran-bio3d

GNU R-pakke for biologisk strukturanalyse
rec: r-cran-distory

GNU R-afstand mellem fylogenetiske historier
rec: r-cran-genabel

GNU R package for genome-wide SNP association analysis
rec: r-cran-kaos

Kodning af sekvenser baseret på Frequency Matrix Chaos
rec: r-cran-metamix

Package not available
rec: r-cran-phangorn

GNU R-pakke for fylogenetisk analyse
rec: r-cran-phytools

GNU R-fylogenetiske værktøjer til komparativ biologi
rec: r-cran-pscbs

R-pakke - analyse af overordnede og specifikke DNA-kopinumre
rec: r-cran-qtl

GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse
rec: r-cran-rotl

GNU R-grænseflade til »Open Tree of Life«-API'en
rec: r-cran-samr

GNU R-signifikansanalyse af mikrotabeller
rec: r-cran-sdmtools

Species Distribution Modelling Tools
rec: r-cran-seqinr

GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse
rec: r-cran-seurat

Package not available
rec: r-cran-shazam

Immunoglobulin somatisk hypermutationsanalyse
rec: r-cran-spp

GNU R ChIP-seq processing pipeline
rec: r-cran-tcr

Avanceret dataanalyse af Immune Receptor Repertoires
rec: r-cran-tigger

Udleder nye immunoglobulin-alleler fra Rep-Seq-data
rec: r-cran-treescape

Package not available
rec: r-cran-tsne

T-distribueret stokastisk naboindlejring for R (t-SNE)
rec: r-cran-vegan

Fællesskabsøkologi for R
rec: r-cran-webgestaltr

Find overrepræsenterede egenskaber i gen-lister
rec: r-cran-wgcna

Vægtet korrelationsnetværksanalyse
rec: r-other-ascat

Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
rec: r-other-mott-happy.hbrem

GNU R-pakke for finkortlægning af komplekse sygdomme
rec: r-other-rajewsky-dropbead

Grundlæggende udforskning og analyse af Drop-seq-data
rec: racon

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
rec: radiant

Udforsk hierarkiske metagenomdata med lagkagediagrammer
rec: ragout

Reference-Assisted Genome Ordering UTility
rec: rambo-k

Read Assignment Method Based On K-mers
rec: rampler

Modul for sampling-genomiske sekvenser
rec: rapmap

Hurtig sensitiv og præcis DNA-læsningsoversættelse via quasi-mapping
rec: rasmol

Visualisering af biologiske makromolekyler
rec: raster3d

Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
rec: rate4site

Detektor af konserverede aminosyresteder
rec: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer
rec: ray

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
rec: rdp-alignment

Ribosomal Database Project (RDP) værktøjspakke for sammenligning
rec: rdp-classifier

Udvidelig sekvensklassifikation for fungal lsu, bakterie og arkæisk 16s
rec: rdp-readseq

Ribosomal Database Project (RDP) sequence reading and writing
rec: readseq

Konvertering mellem sekvensformater
rec: readucks

Package not available
rec: reapr

Universielt værktøj for genomsamlingsevaluering
rec: recan

Genetisk afstandsplot for analyse af rekombinationshændelser
rec: relion

Værktøjssæt for 3D-rekonstruktioner i cryo-elektron mikroskopi
rec: relion-gui

Værktøjssæt for 3D-rekonstruktioner i kryo-elektron mikroskopi - grafiske programmer
rec: repeatmasker-recon

finds repeat families from biological sequences
rec: reprof

Proteinsekundær struktur- og tilgængelighedsprædiktor
rec: resfinder

Identificer erhvervede antimikrobielle resistensgener
rec: rna-star

Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram
rec: rnahybrid

Hurtig og effektiv forudsigelse om microRNA-/mål-dubletter
rec: roary

Højhastigheds og uafhængig pan-genomdatakanal
rec: rockhopper

System til at analysere bakterielle RNA-seq-data
rec: roguenarok

Alsidig og skalerbar algoritmer for rogue taxon-identifikation
rec: rsem

RNA-Seq ved Expectation-Maximization
rec: rtax

Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen
rec: runcircos-gui

Grafisk brugerfladeværktøj til at afvikle circos
rec: saint

Significance Analysis of INTeractome
rec: salmid

Hurtig Kmer-baseret Salmonella-identifikator fra sekvensdata
rec: salmon

Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data
rec: sambamba

Værktøjer for arbejde med SAM/BAM-data
rec: samblaster

Markerer dubletter, udtrækker discordant/split-læsninger
rec: samclip

Filtrer SAM-fil for blødt og hårdt klippet sammenligninger
rec: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
rec: savvy-util

Konverteringsværktøj for SAV-filformatet
rec: scoary

Pangenom-brede associationsstudier
rec: scrappie

Basiskalder for sekventeringsprogrammet Nanopore
rec: scrm

Simulator af evolution for genetiske sekvenser
rec: scythe

Byesiansk adaptortrimmer for sekvenslæsninger
rec: seaview

Grænseflade til flere platforme for sekvenssammenligning og fylogeni
rec: seer

Genomisk sekvenselementberigelsesanalyse (kmer)
rec: segemehl

Kort læs-kortlægning med gaps
rec: seqan-apps

C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
rec: seqan-needle

Forhåndsfilter for optælling af meget store samlinger af nukleotidsekvenser
rec: seqan-raptor

Præfilter til at forespørge meget store samlinger af nukleotidsekvenser
rec: seqkit

Ultrahurtig værktøjssæt for flere platforme til FASTA/Q-filmanipulering
rec: seqmagick

Imagemagick-lignende brugerflade til Biopython SeqIO
rec: seqprep

Strippe adaptere og/eller sammenføjede parrede læsninger af DNA-sekvenser med overlap
rec: seqsero

Salmonella serotyping fra genomsekvensdata
rec: seqtk

Hurtigt letvægtsværktøj til behandling af sekvenser i formaterne FASTA eller FASTQ
rec: sga

De novo-genomsamler som bruger strenggrafer
rec: shasta

Nanopore-helgenomsamling - binære filer og skripter
rec: shovill

Saml bakterie isolat-genomer fra Illumina paired-end-læsninger
rec: sibelia

Komparativ genomisk værktøj
rec: sibsim4

Sammenlign udtrykte RNA-sekvenser på en DNA-skabelon
rec: sickle

Vinduesopdelt adaptiv trimmingværktøj for FASTQ-filer der bruger kvalitet
rec: sigma-align

Simpel grådig flerjustering af ikke-kodende DNA-sekvenser
rec: sim4

Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA
rec: sim4db

Jobopdelt sammenligning af cDNA-sekvenser til et målgenom
rec: simka

Komparativ metagenomikmetode dedikeret til NGS-datasæt
rec: simkamin

Omtrentlig komparativ metagenomikmetode dedikeret til NGS-datasæt
rec: ska

Split Kmer-analyse
rec: skesa

Strategisk Kmer-udvidelse for scrupulous-samlinger
rec: skewer

Efterbehandling af høj-gennemløb DNA-sekvenslæsninger
rec: smalt

Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning
rec: smithwaterman

Bestem lignende regioner mellem to strenge eller genomsekvenser
rec: smrtanalysis

Package not available
rec: snap

Placering af gener fra DNA-sekvens med skjult Markovmodel
rec: snap-aligner

Scalable Nucleotide Alignment Program
rec: sniffles

Strukturel variationskalder der bruger tredjegenerations sekventering
rec: snp-sites

Binær kode for pakken snp-sites
rec: snpeff

Genetisk variantannotation og effektforudsigelsesværktøjskasse - værktøj
rec: snpomatic

Hurtig, stringent kort-læsning oversættelsesprogram
rec: snpsift

Værktøj til at annotere og manipulere genomvarianter - værktøj
rec: soapaligner

Sammenligning af korte læsninger for næste generations sekvensere
rec: soapdenovo

Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
rec: soapdenovo2

Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
rec: soapsnp

Resekvensredskab der kan samle genomkonsensussekvenser
rec: sortmerna

Værktøj til at filtrere, oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger
rec: spaced

Justeringsfri sekvenssammenligning ved hjælp af afskårne ord
rec: spades

Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt
rec: spaln

Opdelingsparat transkript-sammenligning til genomisk DNA
rec: spoa

SIMD-sammenligningsværktøj for partial order
rec: sprai

Forbedring af single-pass-sekventeringslæsenøjagtighed
rec: spread-phy

Analyser og visualiser fylogeografiske rekonstruktioner
rec: squizz

Package not available
rec: sra-toolkit

Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
rec: srst2

Kort læsesekvensindtastning for bakterielle patogener
rec: ssake

Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser
rec: sspace

Scaffolding på forhånd samlede contig'er efter filendelse
rec: ssw-align

Smith-Waterman-justeringsprogram baseret på libssw
rec: stacks

Datakanal for bygning af loci fra kort-læs DNA-sekvenser
rec: staden

DNA-sekvenssamling (Gap4/Gap5), redigerings- og analyseværktøjer
rec: staden-io-lib-utils

Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler
rec: stringtie

Saml korte RNAseq-læsninger til transkripter
rec: subread

Værktøjssæt til at behandle næstegen. sekvensdata
rec: suitename

Kategoriser hver programpakke i en RNA-backbone
rec: sumaclust

Package not available
rec: sumatra

Package not available
rec: sumtrees

Fylogenetisk træsummering og annotation
rec: surankco

Overvåget rangering af Contigs i de novo-samlinger
rec: surpyvor

Ændring af VCF-filer med SURVIVOR
rec: survivor

Værktøjssæt for simulering/evaluering af SV'er
rec: svim

Strukturel variantkalder for lange sekventeringslæsninger
rec: swarm

Robust og hurtig klyngemetode for amplicon-baserede studier
rec: sweed

Vurdering af SNP'er for deres evolutionære fordele
rec: t-coffee

Flersekvensjustering
rec: tabix

Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
rec: tantan

Lav kompleksitet og tandem-gentagelsesmasker for biosekvenser
rec: terraphast

Tæl terrasser op i fylogentiske trærum
rec: theseus

Overlejring af makromolekyler med brug af maksimal sandsynlighed
rec: thesias

Test af haplotypeeffekter i associationsstudier
rec: tiddit

Strukturel variant-kald
rec: tigr-glimmer

Gen-detektion i arkæer og bakterier
rec: tm-align

Strukturel sammenligning af proteiner
rec: tnseq-transit

Statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner
rec: toil

Package not available
rec: tombo

Identifikation af ændrede nukleotider fra rå nanoporesekventeringsdata
rec: tophat-recondition

Efterbrænder for TopHat-uoversatte læsninger
rec: topp

Sæt af programmer der implementerer OpenMS Proteomic Pipeline
rec: toppred

Forudsigelse af transmembrantopologi
rec: tortoize

Program til at beregne ramachandran z-bedømmelser
rec: trace2dbest

Saml indsendelse af chromatogramdata til dbEST
rec: tracetuner

Fortolkning af DNA Sanger-sekventeringsdata
rec: transdecoder

Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser
rec: transrate-tools

Hjælpeprogram til transrate
rec: transtermhp

Find rho-uafhængige transkriptionsterminatorer i bakterielle genomer
rec: tree-puzzle

Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed

or tree-ppuzzle

Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
rec: treeview

Ny Javaimplementering af Michael Eisens TreeView
rec: treeviewx

Viser og udskriver fylogenetiske træer
rec: trf

Find og vis tandem-gentagelser i DNA-sekvenser
rec: trim-galore

Automatiser kvalitet og adaptertilpasning for DNA-sekventering
rec: trimmomatic

Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data
rec: tvc

Genetisk variantkalder for Ion Torrent-sekventeringsplatforme
rec: twopaco

Byg den kompakte de Bruijn-graf fra mange fuldstændige genomer
rec: uc-echo

Fejlkorrektionsalgoritme designet for kort-læsninger fra NGS
rec: umap-learn

Package not available
rec: umis

Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata
rec: uncalled

Redskab for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
rec: unicycler

Hybrid samlingsdatakanal for bakterigenomer
rec: unikmer

Værktøjssæt for nukleinsyre k-mer-analyse
rec: varna

Visualiseringspanelprogram for RNA
rec: vcfanno

Kommenter en VCF med andre VCF'er/BED'er/tabixed-filer
rec: vcftools

Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer
rec: velvet

Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

or velvet-long

Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger - lang version
rec: velvetoptimiser

Optimer automatisk Velvet do novo-samlingsparametre
rec: virulencefinder

Identificer virulensgener i total eller delvis sekventerede isolater af bakterier
rec: vmatch

Program til sekvensanalyse i stor skala
rec: vsearch

Værktøj til behandling af metagenomiske sekvenser
rec: vt

Værktøjssæt for kort variant-registrering i genetiske sekvensdata
rec: wham-align

Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
rec: wigeon

Ny implementering af Pintail 16S-detektionsredskabet for DNA-anamolier
rec: wise

Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser
rec: xpore

Nanopore-analyse af differential RNA-ændringer
rec: yaha

Find split-read-oversættelser på single-end-forespørgsler
rec: yanagiba

Filtrer Oxford Nanopore-læsninger i lav kvalitet basecalled med Albacore
rec: yanosim

Læs simulator nanopore DRS-datasæt

sug: acacia

Package not available
sug: adun.app

Molekylær simulator for GNUstep - grafisk brugerflade
sug: agat

Package not available
sug: amos-assembler

Package not available
sug: amoscmp

Package not available
sug: anfo

Package not available
sug: annovar

Package not available
sug: apollo

Package not available
sug: arachne

Package not available
sug: arb

phylogenetic sequence analysis suite - main program
sug: arvados

Package not available
sug: asap

Package not available
sug: axparafit

Package not available
sug: axpcoords

Package not available
sug: bagpipe

Package not available
sug: bambus

Package not available
sug: bax2bam

Package not available
sug: bcbio

Package not available
sug: biceps

Package not available
sug: big-blast

Package not available
sug: bigsdb

Package not available
sug: bismark

Package not available
sug: blat

Package not available
sug: blimps-utils

blocks database improved searcher
sug: blobology

Package not available
sug: braker

Package not available
sug: btk-core

Package not available
sug: cactus

Package not available
sug: caftools

Package not available
sug: card-rgi

Package not available
sug: catfishq

Sammenkobler fastq-filer
sug: cdna-db

Package not available
sug: cellprofiler

Package not available
sug: cinema

Package not available
sug: cluster3

Reimplementation of the Eisen-clustering software
sug: cmap

Package not available
sug: conda-package-handling

Opret og udtræk conda-pakker i diverse formater
sug: condetri

Package not available
sug: contrafold

Package not available
sug: contralign

Package not available
sug: coot

Package not available
sug: copycat

Package not available
sug: covpipe

Package not available
sug: crossbow

Package not available
sug: crux-toolkit

Package not available
sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
sug: cytoscape

Package not available
sug: dascrubber

Sammenligningsbaseret scrubbing-datakanal for DNA-sekvenslæsninger
sug: dazzle

Package not available
sug: deepbinner

Package not available
sug: deepnano

Package not available
sug: dendroscope

Package not available
sug: diann

Package not available
sug: dnapi

Adapterforudsigelse for lille RNA-sekventering - værktøjer
sug: e-hive

Package not available
sug: ecell

Package not available
sug: embassy-phylip

Package not available
sug: emboss-explorer

Netbaseret grafisk brugerflade for EMBOSS
sug: ensembl

Package not available
sug: ensembl-vep

Package not available
sug: epigrass

Package not available
sug: estferret

Package not available
sug: euler-sr

Package not available
sug: euler2

Package not available
sug: exabayes

Package not available
sug: exalt

Package not available
sug: excavator

Package not available
sug: ffp

Package not available
sug: fieldbioinformatics

Package not available
sug: figaro

Package not available
sug: flappie

Package not available
sug: forester

Package not available
sug: forge

Package not available
sug: galaxy

Package not available
sug: gatk

Package not available
sug: gbrowse-syn

Package not available
sug: genemark

Package not available
sug: genesplicer

Package not available
sug: genetrack

Package not available
sug: genezilla

Package not available
sug: genographer

Package not available
sug: gerp++

Package not available
sug: getdata

Håndtering af eksterne databaser
sug: glimmerhmm

Package not available
sug: gmv

Package not available
sug: gramalign

Package not available
sug: graphbin

Package not available
sug: graphmap2

Package not available
sug: haploview

Package not available
sug: hawkeye

Package not available
sug: htqc

Package not available
sug: hts-nim-tools

Package not available
sug: idefix

Package not available
sug: idseq-bench

Package not available
sug: igdiscover

Package not available
sug: illustrate

Tegneserieagtig repræsentationer af store biologiske molekyler
sug: inspect

Package not available
sug: jbrowse

Package not available
sug: jigsaw

Package not available
sug: kempbasu

Package not available
sug: libhdf5-dev

HDF5 - udviklingsfiler - seriel version
sug: libhnswlib-dev

fast approximate nearest neighbor search
sug: lofreq

Package not available
sug: mach-haplotyper

Package not available
sug: mage2tab

Package not available
sug: maker2

Package not available
sug: manta

Package not available
sug: marginphase

Package not available
sug: martj

Package not available
sug: maude

Højtydende logisk ramme
sug: maxd

Package not available
sug: medaka

Package not available
sug: meme

Package not available
sug: mesquite

Package not available
sug: metabit

Package not available
sug: metaeuk

sensitive, high-throughput gene discovery and annotation for metagenomics
sug: metarep

Package not available
sug: metastudent-data

Indikator for genontologivilkår fra proteinsekvens - datafiler
sug: metastudent-data-2

Indikator for genontologivilkår fra proteinsekvens - data #2
sug: migrate

Package not available
sug: minimus

Package not available
sug: mirbase

Package not available
sug: modeller

Package not available
sug: molekel

Package not available
sug: mosaik-aligner

Package not available
sug: mpsqed

Package not available
sug: mrs

Package not available
sug: msatfinder

Package not available
sug: mugsy

Package not available
sug: mummergpu

Package not available
sug: mview

Package not available
sug: nano-snakemake

Package not available
sug: nanocall

Package not available
sug: nanocomp

Package not available
sug: nanoplot

Package not available
sug: ncbi-magicblast

Package not available
sug: nextsv

Package not available
sug: ngila

Package not available
sug: ngsqctoolkit

Package not available
sug: nw-align

Package not available
sug: oases

Package not available
sug: obo-edit

Package not available
sug: oligoarrayaux

Package not available
sug: omegamap

Package not available
sug: oncofuse

Package not available
sug: operondb

Package not available
sug: optitype

Package not available
sug: paipline

Package not available
sug: pangolin

Package not available
sug: partigene

Package not available
sug: partitionfinder

Package not available
sug: patristic

Package not available
sug: pcma

Package not available
sug: pfaat

Package not available
sug: phagefinder

Package not available
sug: phpphylotree

Package not available
sug: phylographer

Package not available
sug: phylophlan

Package not available
sug: phyloviz-core

Package not available
sug: phylowin

Package not available
sug: pigx-scrnaseq

Package not available
sug: pipasic

Package not available
sug: plato

Package not available
sug: pomoxis

Package not available
sug: pplacer

Package not available
sug: profit

Package not available
sug: profphd

Package not available
sug: prot4est

Package not available
sug: psipred

Package not available
sug: pssh2

Package not available
sug: pufferfish

Package not available
sug: purple

Package not available
sug: pyrophosphate-tools

Package not available
sug: python3-alignlib

Edit- og Hamming-afstande for biologiske sekvenser
sug: python3-anndata

Package not available
sug: python3-cgecore

Python 3-modul for Center for Genomic Epidemiology
sug: python3-cyvcf2

VCF-fortolker baseret på htslib - Python 3
sug: python3-deeptools

Platform til at udforske biologiske deep-sequencing-data
sug: python3-deeptoolsintervals

Håndtering af GTF-lignende sekvensassocieret interal-annotation
sug: python3-htseq

Python 3-redskaber til høj-gennemløb læseanalyse af genomsekventeringer
sug: python3-intake

Package not available
sug: python3-loompy

Package not available
sug: python3-nanoget

Udtræk information fra Oxford Nanopore-sekventeringsdata og sammenligninger
sug: python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
sug: python3-ncls

Datastruktur for forespørgsler for intervaloverlap
sug: python3-orange

Package not available
sug: python3-py2bit

Adgang til 2bit-filer
sug: python3-pybel

Biologisk udtrykssprog
sug: python3-pychopper

Package not available
sug: python3-pyfaidx

Effektiv vilkårlig adgang til fasta-undersekvenser for Python 3
sug: python3-pyflow

Package not available
sug: python3-pyranges

2D-repræsentation af genom-intervaller og deres annotationer
sug: python3-pyrle

Afvikl længdearitmetik i Python
sug: python3-pysam

Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
sug: python3-tinyalign

Numerisk repræsentation af forskelle mellem strenge
sug: q2-alignment

Package not available
sug: q2-composition

Package not available
sug: q2-cutadapt

Package not available
sug: q2-dada2

Package not available
sug: q2-deblur

Package not available
sug: q2-demux

Package not available
sug: q2-diversity

Package not available
sug: q2-emperor

Package not available
sug: q2-feature-classifier

Package not available
sug: q2-feature-table

Package not available
sug: q2-fragment-insertion

Package not available
sug: q2-gneiss

Package not available
sug: q2-longitudinal

Package not available
sug: q2-metadata

Package not available
sug: q2-phylogeny

Package not available
sug: q2-quality-control

Package not available
sug: q2-quality-filter

Package not available
sug: q2-sample-classifier

Package not available
sug: q2-taxa

Package not available
sug: q2-types

Package not available
sug: q2-vsearch

Package not available
sug: q2cli

Package not available
sug: q2templates

Designskabelonpakke for QIIME 2-udvidelsesmoduler
sug: qtlcart

Package not available
sug: qtlreaper

Package not available
sug: qualimap

Package not available
sug: quast

Package not available
sug: r-bioc-annotationhub

GNU R-klient til at tilgå AnnotationHub-ressourcer
sug: r-bioc-aroma.light

BioConductor-metoder - normalisering og visualisering af microarray-data
sug: r-bioc-beachmat

I/O for several formats storing matrix data
sug: r-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor-pakker
sug: r-bioc-biocsingular

Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages
sug: r-bioc-bitseq

Package not available
sug: r-bioc-ctc

Klynge- og trækonvertering
sug: r-bioc-dnacopy

R-pakke: dataanalyse af DNA-kopinummer
sug: r-bioc-ensembldb

GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase
sug: r-bioc-experimenthub

BioConductor-klient til at tilgå ExperimentHub-ressourcer
sug: r-bioc-geneplotter

R-pakke med funktioner til plot af genomdata
sug: r-bioc-genomicalignments

Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger
sug: r-bioc-genomicfiles

Distribueret beregning efter fil eller efter interval
sug: r-bioc-genomicranges

BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller
sug: r-bioc-go.db

Annotationskort der beskriver hele genontologien
sug: r-bioc-grohmm

GRO-seq Analysis Pipeline
sug: r-bioc-gviz

Plot data og annotationsinformation langs genomiske koordinater
sug: r-bioc-isoformswitchanalyzer

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and
sug: r-bioc-mofa2

Package not available
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

Genom-bred annotation for mennesker
sug: r-bioc-org.mm.eg.db

Package not available
sug: r-bioc-qusage

Qusage - kvantitativ sætanalyse til genekspression
sug: r-bioc-savr

GNU R - fortolk og analyser Illumina SAV-filer
sug: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
sug: r-bioc-structuralvariantannotation

Variantannotationer for strukturelle varianter
sug: r-bioc-tximport

Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering
sug: r-cran-amap

Endnu en flerdiminsionel analysepakke
sug: r-cran-biwt

Biweight middelvektor og kovarians og korrelation
sug: r-cran-boolnet

Samling, analyse og visualisering af booleske netværk
sug: r-cran-corrplot

Visualisering af en korrelationsmatrix
sug: r-cran-drinsight

Package not available
sug: r-cran-dynamictreecut

Metoder til registrering af klynger i Hierarchical Clustering
sug: r-cran-epir

Package not available
sug: r-cran-fitdistrplus

Understøtter tilpasning af parametrisk distribution
sug: r-cran-forecast

GNU R-prognosefunktioner for tidsserier og lineære modeller
sug: r-cran-gprofiler2

Interface to the 'g:Profiler' Toolset
sug: r-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
sug: r-cran-optimalcutpoints

Beregning af optimale klippepunkter i diagnostiske test
sug: r-cran-parmigene

Parallel Mutual Information til at etablere gennetværk
sug: r-cran-pheatmap

GNU R-pakke til at oprette smukke varmekort
sug: r-cran-qqman

R-pakke til at visualisere GWAS-resultater via Q-Q- og Manhattan-plot
sug: r-cran-rcpphnsw

R-bindinger for et bibliotek for Approximate Nearest Neighbors
sug: r-cran-rentrez

GNU R-grænseflade til NCBI's EUtils API
sug: r-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI-data
sug: r-other-apmswapp

Package not available
sug: r-other-fastbaps

Package not available
sug: raccoon

Package not available
sug: raxml-ng

Package not available
sug: rbs-finder

Package not available
sug: relion-cuda

Package not available
sug: relion-gui-cuda

Package not available
sug: repeatmasker

Package not available
sug: resfinder-db

ResFinder-databasen er en kurateret database for erhvervede resistensgener
sug: roadtrips

Package not available
sug: roche454ace2caf

Package not available
sug: rosa

Package not available
sug: rose

Package not available
sug: rsat

Package not available
sug: sailfish

Package not available
sug: sap

Package not available
sug: science-workflow

Håndteringssystem til arbejdsforløb der er nyttig i videnskabelig forskning
sug: sepp

Package not available
sug: seq-gen

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
sug: seq-seq-pan

Package not available
sug: seqcluster

analysis of small RNA in NGS data
sug: seqwish

Package not available
sug: sift

Package not available
sug: signalalign

Package not available
sug: sina

Package not available
sug: sistr

Package not available
sug: situs

Package not available
sug: snippy

Package not available
sug: solvate

arranges water molecules around protein structures
sug: sourmash

Package not available
sug: sparta

Package not available
sug: splitstree

Package not available
sug: ssaha

Package not available
sug: strap

Package not available
sug: strap-base

Package not available
sug: strelka

Package not available
sug: tab2mage

Package not available
sug: tacg

Package not available
sug: tandem-genotypes

Package not available
sug: taverna

Package not available
sug: taxinspector

Package not available
sug: tetra

Package not available
sug: tide

Package not available
sug: tigr-glimmer-mg

Package not available
sug: tipp

Package not available
sug: tn-seqexplorer

Package not available
sug: tophat

Package not available
sug: treebuilder3d

Package not available
sug: trinityrnaseq

RNA-Seq De novo Assembly
sug: tripal

Package not available
sug: trnascan-se

detection of transfer RNA genes in genomic sequence
sug: twain

Package not available
sug: ufasta

Package not available
sug: ugene

Integreret værktøjssæt for bioinformatik
sug: umap

Package not available
sug: unc-fish

Package not available
sug: uniprime

Package not available
sug: varmatch

Package not available
sug: varscan

variant detection in next-generation sequencing data
sug: vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires
sug: vg

Package not available
sug: vienna-rna

RNA sequence analysis
sug: viewmol

Package not available
sug: vmd

Package not available
sug: x-tandem-pipeline

Package not available
sug: zodiac-zeden

Package not available

Download med-bio

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	14.0 kB	44.0 kB	[list of files]