Package: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2)

Klyngeopsætning og samling af korte læsninger for bioinformatik

Effektivt værktøj for klyngeopsætning og samling af korte læsninger, specielt for RAD.

Rainbow er udviklet for at tilbyde en ultra hurtig og hukommelseseffektiv løsning til klyngeopbygning og samling af korte læsninger fremstillet af RAD-seq. Først læser Rainbowklynger via en »spaced seed«-metode. Derefter implementerer Rainbow en heterozygot kaldelignende strategi til at opdele potentielle grupper i haplotyper i en op-nedad metode. Langs et guidet træ sammenføjes interaktivt underblade i en bund-op metode, hvis de har nok lighed.

Her er ligheden defineret ved at sammenligne den 2. læsning af et RAD-segment. Denne fremgangsmåde forsøger at samle heterozygot, mens gentagende sekvenser diskrimineres. Til sidste bruger Rainbow en grådig algoritme til lokalt at samle sammenføjede læsninger i contig'er. Rainbow viser ikke kun den optimale men også mindre optimale samlingsresultater. Baseret på simulering og reelle guppy RAD-seq-data, er det vist at Rainbow er mere kompetent end andre værktøjer i håndteringen af RAD-seq-data.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):