Paket: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde ve diğerleri)

ngmlr için bağlantılar

Debian Kaynakları:

ngmlr Kaynak Paketini İndir:

Geliştirici:

Debian Med Packaging Team (QA Sayfası, Posta Arşivi)

Dış Kaynaklar:

Ana Sayfa [github.com]

Benzer paketler:

Deneysel paket

Uyarı: Bu paket deneysel dağıtımdan geliyor. Bu, paketin kararsız veya hatalı olabileceği hatta veri kaybına sebep olabileceği anlamına gelmektedir. Lütfen kullanmadan önce değişim günlüğüne ve muhtemel diğer belgelendirmeye danıştığınızdan emin olun.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

ngmlr ile İlgili Diğer Paketler

bağımlılıklar

tavsiye edilen

önerilen

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, riscv64, sh4 değil]

GNU C Library: Shared libraries
ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64 değil]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

ngmlr indir

Tüm mevcut mimariler için indir
Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 kB	1.303,0 kB	[dosya listesi]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 kB	1.157,0 kB	[dosya listesi]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 kB	1.173,0 kB	[dosya listesi]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 kB	1.112,0 kB	[dosya listesi]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 kB	1.008,0 kB	[dosya listesi]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 kB	1.184,0 kB	[dosya listesi]
ia64 (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 kB	1.631,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 kB	1.180,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 kB	1.260,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 kB	1.301,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 kB	1.237,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 kB	1.078,0 kB	[dosya listesi]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 kB	1.173,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 kB	1.173,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 kB	1.753,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 kB	1.136,0 kB	[dosya listesi]