パッケージ: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde など)

ngmlr に関するリンク

Debian の資源:

ngmlr ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

試験的な (experimental の) パッケージ

警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

その他の ngmlr 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, riscv64, sh4 以外]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64 以外]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

圧縮ライブラリ - ランタイム

ngmlr のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674.0 kB	1,303.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673.6 kB	1,157.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653.2 kB	1,173.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648.4 kB	1,112.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649.1 kB	1,008.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680.5 kB	1,184.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721.5 kB	1,631.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664.0 kB	1,180.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657.1 kB	1,260.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.1 kB	1,301.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.3 kB	1,237.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669.4 kB	1,078.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654.8 kB	1,173.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696.3 kB	1,173.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651.9 kB	1,753.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672.1 kB	1,136.0 kB	[ファイル一覧]