Tarkennettu haku
[  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Source: ngmlr  ]

Paketti: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde ja muut)

Links for ngmlr

Screenshot

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti ngmlr:

Ylläpitäjä:

External Resources:

Samankaltaisia paketteja:

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Muut pakettiin ngmlr liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances
  • dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, riscv64, sh4]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
    dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
  • dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
  • dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
    GCC:n apukirjasto
    dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
    dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
    dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
  • dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
    GCC:n apukirjasto
  • dep: libssw0 (>= 1.1)
    fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
  • dep: libstdc++6 (>= 11) [ei riscv64]
    GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
    dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
  • dep: libunwind8 [ia64]
    library to determine the call-chain of a program - runtime
  • dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
    pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi ngmlr

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Versio Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 674.0 kt1,303.0 kt [tiedostoluettelo]
amd64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 673.6 kt1,157.0 kt [tiedostoluettelo]
arm64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 653.2 kt1,173.0 kt [tiedostoluettelo]
armel 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 648.4 kt1,112.0 kt [tiedostoluettelo]
armhf 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 649.1 kt1,008.0 kt [tiedostoluettelo]
i386 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 680.5 kt1,184.0 kt [tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 721.5 kt1,631.0 kt [tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 664.0 kt1,180.0 kt [tiedostoluettelo]
mips64el 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 657.1 kt1,260.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 677.1 kt1,301.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64el 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 677.3 kt1,237.0 kt [tiedostoluettelo]
riscv64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1 669.4 kt1,078.0 kt [tiedostoluettelo]
s390x 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 654.8 kt1,173.0 kt [tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 696.3 kt1,173.0 kt [tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 651.9 kt1,753.0 kt [tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros) 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 672.1 kt1,136.0 kt [tiedostoluettelo]