Paket: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde och andra)

Länkar för ngmlr

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet ngmlr:

Ansvarig:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)

Externa resurser:

Hemsida [github.com]

Liknande paket:

Experimentellt paket

Varning: Paketet är från den experimentella utgåvan. Det innebär att det med stor sannolikhet är instabilt eller innehåller fel, och kanske till och med kan orsaka dataförluster. Se till att läsa ändringsloggen och annan dokumentation innan du använder det.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Andra paket besläktade med ngmlr

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, riscv64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC stödbibliotek
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11) [ej riscv64]

GNU standardbibliotek v3 för C++

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta ngmlr

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 kbyte	1.303,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 kbyte	1.157,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 kbyte	1.173,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 kbyte	1.112,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 kbyte	1.008,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 kbyte	1.184,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 kbyte	1.631,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 kbyte	1.180,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 kbyte	1.260,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 kbyte	1.301,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 kbyte	1.237,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 kbyte	1.078,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 kbyte	1.173,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 kbyte	1.173,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 kbyte	1.753,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 kbyte	1.136,0 kbyte	[filförteckning]