软件包：ngmlr（0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 以及其他的）

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维护者：

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相似软件包：

试制（Experimental）软件包

警告：这个软件包来自于 experimental 发行版。这表示它很有可能表现出不稳定或者出现 bug ，甚至是导致资料损失。请务必在使用之前查阅 changelog 以及其他潜在的文档。

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

其他与 ngmlr 有关的软件包

依赖

推荐

建议

增强

dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, riscv64, sh4]

GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC 支持库

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 支持库
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11) [除 riscv64]

GNU 标准 C++ 库，第3版

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

压缩库 - 运行时

下载 ngmlr

下载可用于所有硬件架构的
硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674.0 kB	1,303.0 kB	[文件列表]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673.6 kB	1,157.0 kB	[文件列表]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653.2 kB	1,173.0 kB	[文件列表]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648.4 kB	1,112.0 kB	[文件列表]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649.1 kB	1,008.0 kB	[文件列表]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680.5 kB	1,184.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721.5 kB	1,631.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664.0 kB	1,180.0 kB	[文件列表]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657.1 kB	1,260.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.1 kB	1,301.0 kB	[文件列表]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.3 kB	1,237.0 kB	[文件列表]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669.4 kB	1,078.0 kB	[文件列表]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654.8 kB	1,173.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696.3 kB	1,173.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651.9 kB	1,753.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672.1 kB	1,136.0 kB	[文件列表]