Pakiet: parsnp (1.5.4+dfsg-1)

Odnośniki dla parsnp

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego parsnp:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [harvest.readthedocs.org]

Podobne pakiety:

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Inne pakiety związane z parsnp

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
dep: harvest-tools

archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
dep: libc6 (>= 2.27)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: raxml

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Pobieranie parsnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	185,2 KiB	1 881,0 KiB	[lista plików]
arm64	174,9 KiB	1 837,0 KiB	[lista plików]
armel	167,3 KiB	1 836,0 KiB	[lista plików]
armhf	164,4 KiB	1 760,0 KiB	[lista plików]
i386	188,3 KiB	1 900,0 KiB	[lista plików]
mips64el	185,0 KiB	1 927,0 KiB	[lista plików]
mipsel	187,4 KiB	1 925,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	197,4 KiB	1 945,0 KiB	[lista plików]
s390x	169,9 KiB	1 885,0 KiB	[lista plików]