Paquet : parsnp (1.5.4+dfsg-1)

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Paquets similaires :

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
dep: harvest-tools

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »
dep: libc6 (>= 2.27)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: mummer

Alignement de séquence efficace de génomes complets
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3
dep: raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Télécharger parsnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	185,2 ko	1 881,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	174,9 ko	1 837,0 ko	[liste des fichiers]
armel	167,3 ko	1 836,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	164,4 ko	1 760,0 ko	[liste des fichiers]
i386	188,3 ko	1 900,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	185,0 ko	1 927,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	187,4 ko	1 925,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	197,4 ko	1 945,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	169,9 ko	1 885,0 ko	[liste des fichiers]