Pakiet: parsnp (1.7.4+dfsg-2)
Odnośniki dla parsnp
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego parsnp:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Étienne Mollier (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [harvest.readthedocs.org]
Podobne pakiety:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Inne pakiety związane z parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]
- Biblioteka wspomagająca GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
-
- dep: raxml
- Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Pobieranie parsnp
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
amd64 | 191,3 KiB | 1 920,0 KiB | [lista plików] |
arm64 | 181,8 KiB | 1 920,0 KiB | [lista plików] |
armel | 175,5 KiB | 1 919,0 KiB | [lista plików] |
armhf | 171,7 KiB | 1 855,0 KiB | [lista plików] |
i386 | 194,3 KiB | 1 931,0 KiB | [lista plików] |
mips64el | 193,9 KiB | 1 994,0 KiB | [lista plików] |
mipsel | 193,6 KiB | 1 992,0 KiB | [lista plików] |
ppc64el | 205,6 KiB | 1 984,0 KiB | [lista plików] |
s390x | 175,4 KiB | 1 920,0 KiB | [lista plików] |