Package: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 and others)

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Debian Resources:

Download Source Package t-coffee:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Steffen Moeller (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Étienne Mollier (QA Page)

External Resources:

Homepage [www.tcoffee.org]

Similar packages:

allineamento di sequenze multiple

T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.

T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.

T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, sh4]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

libreria di supporto a GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

libreria di supporto a GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

libreria GNU Standard C++, versione 3

dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [not arm64, riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

rec: amap-align

allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
rec: clustalo

programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
rec: clustalw

allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
rec: dialign-tx

allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
rec: fsa

allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA
rec: kalign

allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
rec: libsoap-lite-perl

implementazione Perl di client e server SOAP
rec: libxml-simple-perl

modulo Perl per leggere e scrivere XML
rec: mafft

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
rec: muscle

programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
rec: mustang

allineamento strutturale multiplo di proteine
rec: ncbi-blast+

suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
rec: poa

Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
rec: prank

kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
rec: probcons

allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
rec: proda

allineamento multiplo di sequenze proteiche
rec: tm-align

allineamento strutturale di proteine

sug: boxshade

belle stampe di allineamenti multisequenza
sug: seaview

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
sug: t-coffee-examples

esempi con annotazioni sull'uso di T-Coffee

Download t-coffee

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	997.0 kB	3,340.0 kB	[list of files]
amd64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,007.5 kB	2,715.0 kB	[list of files]
arm64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	914.7 kB	2,699.0 kB	[list of files]
armel	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	846.5 kB	2,569.0 kB	[list of files]
armhf	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	857.3 kB	1,929.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	910.9 kB	2,720.0 kB	[list of files]
i386	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.5 kB	3,033.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,208.2 kB	5,405.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	893.9 kB	2,825.0 kB	[list of files]
mips64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	950.6 kB	3,380.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,020.1 kB	3,466.0 kB	[list of files]
ppc64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,063.4 kB	3,402.0 kB	[list of files]
riscv64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	996.7 kB	2,295.0 kB	[list of files]
s390x	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	921.2 kB	2,974.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,073.0 kB	2,570.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	835.5 kB	3,150.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.6 kB	2,710.0 kB	[list of files]