Package: muscle (1:5.1.0-1 and others)

programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori, MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei programmi più veloci tra quelli disponibili.

Muscle v5 è una riscrittura con grandi modifiche di MUSCLE, basata su nuovi algoritmi.

Gli utenti dovrebbero considerare che gli argomenti della riga di comando sono cambiati rispetto alla versione 3.x di MUSCLE.

Maggiore accuratezza, scalabile a migliaia di sequenze

In confronto alle versioni precedenti, Muscle v5 è più accurato, è spesso più veloce e scalabile a insiemi di dati molto più grandi. Al momento della stesura di questo testo (fine 2021), Muscle v5 ha il più alto punteggio nei benchmark per allineamenti multipli, inclusi Balibase, Bralibase, Prefab e Balifam. Può allineare decine di migliaia di sequenze con alta accuratezza su un computer comune a basso costo (ad esempio una CPU Intel a 8 core con 32 GB di RAM). Su insiemi di dati più grandi, Muscle v5 è più accurato del 20-30% rispetto a MAFFT e Clustal-Omega.

Insiemi di allineamenti

Muscle v5 può generare insiemi di allineamenti alternativi ad alta accuratezza. Tutti i replicati hanno uguale accuratezza media nei test benchmark, incluso l'MSA fatto con i parametri predefiniti. Confrontando i risultati delle analisi successive (alberi, predizione di struttura, ...) su replicati diversi, si possono valutare gli effetti degli errori di allineamento sui propri studi.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Need an extra tag

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