Paquet : sga (0.10.15-4)

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Paquets similaires :

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Autres paquets associés à sga

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbamtools2.5.1

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.23)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python

langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
dep: python-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)
dep: python-ruffus

Python computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Télécharger sga

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	954,4 ko	2 875,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	670,7 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]