Paquet : sga (0.10.15-5)

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Paquets similaires :

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Autres paquets associés à sga

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

Paquet indisponible

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]

dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 9)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Télécharger sga

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	815,0 ko	2 443,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	591,0 ko	1 747,0 ko	[liste des fichiers]
armel	573,9 ko	1 710,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	603,8 ko	1 258,0 ko	[liste des fichiers]
i386	878,4 ko	2 634,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	750,3 ko	3 008,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	788,6 ko	2 954,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	677,1 ko	2 239,0 ko	[liste des fichiers]