Пакет: sga (0.10.15-4)

Ссылки для sga

Ресурсы Debian:

Исходный код sga:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Другие пакеты, относящиеся к sga

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbamtools2.5.1

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.23)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python

интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)
dep: python-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)
dep: python-ruffus

Python computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Загрузка sga

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	954,4 Кб	2 875,0 Кб	[список файлов]
arm64	670,7 Кб	2 011,0 Кб	[список файлов]