Package: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4 and others)
Links for mapsembler2
Debian Resources:
Download Source Package mapsembler2:
- [mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4.dsc]
- [mapsembler2_2.2.4+dfsg1.orig.tar.xz]
- [mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4.debian.tar.xz]
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Olivier Sallou (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [colibread.inria.fr]
Similar packages:
Bioinformatik målrettet programmer til samling
Mapsembler2 er et målrettet program til samling. Det bruger et datasæt af rå NGS-læsninger (fasta eller fastq, gzippet eller ej) og et datasæt af sekvenser (startere).
Det bestemmer først om hver starter er read-coherent, f.eks. om læsninger bekræfter tilstedeværelsen af hver starter i den oprindelige sekvens. For hver read-coherent-starter laver Mapsembler2 dens sekvensnaboskab som en lineær sekvens eller som en graf, afhængig af brugervalget.
Mapsembler2 kan bruges for (men ikke begrænset til):
- Valider en samlet sekvens (inddata som starter), f.eks. fra en de Bruijn-grafsamling hvor read-coherence ikke blev påtvunget - Kontrollere om et gen (inddata som starter) har en homolog i et sæt af læsninger - Kontrollere om et kendt enzym er til stede i en metagenomisk NGS- læst sæt - Berige læsninger der ikke kan kortlægges ved at udvide dem, eventuelt gøre dem egnet for kortlægning - Kontrollere hvad der sker i ekstremiteterne af en contig - Fjerne forureninger eller symbiont-læsninger fra et læst sæt
Other Packages Related to mapsembler2
|
|
|
|
-
- dep: bc
- GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision
-
- dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.29) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.8) [ppc64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.8) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgcc1 [x32]
- Package not available
- dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha, ppc64, sparc64]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sh4]
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Package not available
-
- dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
- Package not available
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9) [not m68k, sh4, sparc64]
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libhdf5-7 [x32]
- Package not available
-
- dep: libhdf5-8 [alpha, hppa, ppc64]
- Package not available
-
- dep: libstdc++6 [x32]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [m68k, sh4, sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 4.8) [hppa]
- dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, ppc64]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
Download mapsembler2
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 2.2.3+dfsg-1 | 241.2 kB | 910.0 kB | [list of files] |
amd64 | 2.2.4+dfsg1-4 | 707.5 kB | 1,283.0 kB | [list of files] |
arm64 | 2.2.4+dfsg1-4 | 685.7 kB | 1,247.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 2.2.3+dfsg-1 | 241.5 kB | 803.0 kB | [list of files] |
m68k (unofficial port) | 2.1.6+dfsg-1 | 262.2 kB | 453.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 2.2.3+dfsg-1 | 228.6 kB | 928.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 2.2.4+dfsg1-4 | 722.5 kB | 1,571.0 kB | [list of files] |
s390x | 2.2.4+dfsg1-4 | 683.2 kB | 1,307.0 kB | [list of files] |
sh4 (unofficial port) | 2.1.6+dfsg-1 | 285.5 kB | 469.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 2.1.6+dfsg-1 | 263.1 kB | 458.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 2.2.3+dfsg-1 | 233.7 kB | 706.0 kB | [list of files] |