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[ ソース: mapsembler2  ]

パッケージ: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4 など)

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外部の資源:

類似のパッケージ:

bioinformatics targeted assembly software

Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).

It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.

Mapsembler2 may be used for (not limited to): 

 - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
   Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
 - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
 - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
 - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
 - Checks what happens at the extremities of a contig
 - Remove contaminants or symbiont reads from a read set

その他の mapsembler2 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • enhances

mapsembler2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha (非公式の移植版) 2.2.3+dfsg-1 241.2 kB910.0 kB [ファイル一覧]
amd64 2.2.4+dfsg1-4 707.5 kB1,283.0 kB [ファイル一覧]
arm64 2.2.4+dfsg1-4+b1 690.7 kB1,443.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 2.2.3+dfsg-1 241.5 kB803.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 2.1.6+dfsg-1 262.2 kB453.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 2.2.3+dfsg-1 228.6 kB928.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 2.2.4+dfsg1-4 722.5 kB1,571.0 kB [ファイル一覧]
s390x 2.2.4+dfsg1-4 683.2 kB1,307.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 2.1.6+dfsg-1 285.5 kB469.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 2.1.6+dfsg-1 263.1 kB458.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 2.2.3+dfsg-1 233.7 kB706.0 kB [ファイル一覧]