Пакет: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4 и другие)

Ссылки для mapsembler2

Ресурсы Debian:

Исходный код mapsembler2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [colibread.inria.fr]

Подобные пакеты:

bioinformatics targeted assembly software

Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).

It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.

Mapsembler2 may be used for (not limited to):

 - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
   Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
 - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
 - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
 - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
 - Checks what happens at the extremities of a contig
 - Remove contaminants or symbiont reads from a read set

Другие пакеты, относящиеся к mapsembler2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bc

калькулятор GNU bc произвольной точности
dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.29) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.8) [ppc64]
dep: libc6.1 (>= 2.8) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc1 [x32]

Пакет недоступен

dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha, ppc64, sparc64]

dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sh4]
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Пакет недоступен
dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

Пакет недоступен
dep: libgomp1 (>= 4.9) [не m68k, sh4, sparc64]

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-7 [x32]

Пакет недоступен
dep: libhdf5-8 [alpha, hppa, ppc64]

Пакет недоступен
dep: libstdc++6 [x32]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [m68k, sh4, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 4.8) [hppa]

dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, ppc64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

библиотека сжатия

Загрузка mapsembler2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.2.3+dfsg-1	241,2 Кб	910,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.2.4+dfsg1-4	707,5 Кб	1 283,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.2.4+dfsg1-4	685,7 Кб	1 247,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.2.3+dfsg-1	241,5 Кб	803,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.1.6+dfsg-1	262,2 Кб	453,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.2.3+dfsg-1	228,6 Кб	928,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.2.4+dfsg1-4	722,5 Кб	1 571,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.2.4+dfsg1-4	683,2 Кб	1 307,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.1.6+dfsg-1	285,5 Кб	469,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.1.6+dfsg-1	263,1 Кб	458,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.2.3+dfsg-1	233,7 Кб	706,0 Кб	[список файлов]