套件：ea-utils（1.1.2+dfsg-9 以及其他的）

ea-utils 的相關連結

Debian 的資源：

下載原始碼套件 ea-utils：

維護小組：

外部的資源：

主頁 [expressionanalysis.github.io]

相似套件：

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

其他與 ea-utils 有關的套件

依賴

推薦

建議

增強

dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC 支援函式庫

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 支援函式庫
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 支援函式庫
dep: libgsl25 (>= 2.6) [alpha]

套件暫時不可用
dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [除 alpha]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU Standard C++ Library v3
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: r-cran-formula

GNU R package for extended model formulas
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

GNU R package for 'Trellis' graphics
dep: r-cran-survival

GNU R package for survival analysis
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med general config package

下載 ea-utils

下載可用於所有硬體架構的
硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	243。0 kB	870。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.1.2+dfsg-9+b2	230。6 kB	747。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b2	208。9 kB	1，003。0 kB	[檔案列表]
armel	1.1.2+dfsg-9+b2	208。8 kB	996。0 kB	[檔案列表]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b2	205。7 kB	740。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	237。5 kB	769。0 kB	[檔案列表]
i386	1.1.2+dfsg-9+b2	242。5 kB	760。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	300。4 kB	1，332。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	221。4 kB	756。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b2	229。8 kB	1，094。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	243。8 kB	1，131。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b2	241。5 kB	1，323。0 kB	[檔案列表]
riscv64 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b2	217。4 kB	617。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b2	212。0 kB	747。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	262。8 kB	703。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	210。2 kB	769。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	1.1.2+dfsg-9+b1	229。9 kB	736。0 kB	[檔案列表]