Paket: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 und andere)

Links für ea-utils

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket ea-utils herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Tim Booth (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [expressionanalysis.github.io]

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Andere Pakete mit Bezug zu ea-utils

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgsl25 (>= 2.6) [alpha]

Paket nicht verfügbar
dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [nicht alpha]

GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket
dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket für Lineare Algebra
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: r-base-core

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
dep: r-cran-formula

GNU R package for extended model formulas
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

Implementierung der »Grammar of Graphics«
dep: r-cran-hmisc

Verschiedene Funktionen für GNU R von Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

GNU-R-Paket für »Trellis«-Grafiken
dep: r-cran-survival

GNU-R-Paket für Ereigniszeitanalysen
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med - allgemeines Konfigurationspaket

ea-utils herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	243,0 kB	870,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.1.2+dfsg-9+b2	230,6 kB	747,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b2	208,9 kB	1.003,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.1.2+dfsg-9+b2	208,8 kB	996,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b2	205,7 kB	740,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	237,5 kB	769,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.1.2+dfsg-9+b2	242,5 kB	760,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	300,4 kB	1.332,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	221,4 kB	756,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b2	229,8 kB	1.094,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	243,8 kB	1.131,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b2	241,5 kB	1.323,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b2	217,4 kB	617,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b2	212,0 kB	747,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	262,8 kB	703,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	210,2 kB	769,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.1.2+dfsg-9+b1	229,9 kB	736,0 kB	[Liste der Dateien]