Pakiet: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 i inne)

Odnośniki dla ea-utils

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego ea-utils:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [expressionanalysis.github.io]

Podobne pakiety:

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Inne pakiety związane z ea-utils

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: r-cran-formula

GNU R package for extended model formulas
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

Pakiet GNU R do grafiki "Trellis"
dep: r-cran-survival

GNU R package for survival analysis
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med general config package

Pobieranie ea-utils

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	239,0 KiB	1 069,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.1.2+dfsg-9+b3	239,9 KiB	762,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.1.2+dfsg-9+b3	215,3 KiB	1 002,0 KiB	[lista plików]
armel	1.1.2+dfsg-9+b3	213,0 KiB	699,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.1.2+dfsg-9+b3	210,8 KiB	547,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	236,4 KiB	747,0 KiB	[lista plików]
i386	1.1.2+dfsg-9+b3	250,4 KiB	779,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b1	300,4 KiB	1 332,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	218,7 KiB	731,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b3	232,0 KiB	1 093,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	242,5 KiB	1 066,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.1.2+dfsg-9+b3	243,5 KiB	1 066,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.1.2+dfsg-9+b2	234,3 KiB	638,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.1.2+dfsg-9+b3	234,9 KiB	786,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	262,5 KiB	998,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	214,9 KiB	7 288,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.1.2+dfsg-9+b2	237,3 KiB	735,0 KiB	[lista plików]