[ Источник: stacks ]
Пакет: stacks (2.55+dfsg-1)
Ссылки для stacks
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код stacks:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Tim Booth (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [creskolab.uoregon.edu]
Подобные пакеты:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Другие пакеты, относящиеся к stacks
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libdbi-perl
- Perl-интерфейс к базам данных (DBI)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, ppc64el]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- библиотека сжатия
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
также виртуальный пакет, предоставляемый r-cran-littler
-
- rec: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
Загрузка stacks
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| amd64 | 1 041,1 Кб | 5 465,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 910,1 Кб | 4 849,0 Кб | [список файлов] |
| armel | 875,0 Кб | 4 664,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 900,6 Кб | 3 312,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 1 112,2 Кб | 5 680,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 990,5 Кб | 6 867,0 Кб | [список файлов] |
| mipsel | 1 014,9 Кб | 6 522,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 1 033,4 Кб | 6 741,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 912,5 Кб | 5 601,0 Кб | [список файлов] |