Пакет: samtools (1.11-1)

Ссылки для samtools

Ресурсы Debian:

Исходный код samtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.htslib.org]

Подобные пакеты:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Сеть: Клиент, Сетевой протокол: FTP, protocol::http, role::program, Область: Утилита, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, use::calculating, Фильтрация, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к samtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libhts3 (>= 1.11)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

разделяемые библиотеки для управления терминалом
dep: libtinfo6 (>= 6)

низкоуровневая библиотека для работы с терминалом
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, i386, mipsel]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Загрузка samtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	531,8 Кб	1 201,0 Кб	[список файлов]
arm64	513,2 Кб	1 149,0 Кб	[список файлов]
armel	503,0 Кб	1 134,0 Кб	[список файлов]
armhf	507,0 Кб	978,0 Кб	[список файлов]
i386	562,3 Кб	1 306,0 Кб	[список файлов]
mips64el	518,2 Кб	1 281,0 Кб	[список файлов]
mipsel	525,7 Кб	1 240,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	559,1 Кб	1 669,0 Кб	[список файлов]
s390x	512,5 Кб	1 229,0 Кб	[список файлов]