[ Источник: sga ]
Пакет: sga (0.10.15-5)
Ссылки для sga
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код sga:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Michael R. Crusoe (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Другие пакеты, относящиеся к sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]
- Пакет недоступен
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]
- dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- библиотека сжатия
-
- rec: abyss (>= 2.0.2-1)
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
Загрузка sga
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| amd64 | 815,0 Кб | 2 443,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 591,0 Кб | 1 747,0 Кб | [список файлов] |
| armel | 573,9 Кб | 1 710,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 603,8 Кб | 1 258,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 878,4 Кб | 2 634,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 750,3 Кб | 3 008,0 Кб | [список файлов] |
| mipsel | 788,6 Кб | 2 954,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 677,1 Кб | 2 239,0 Кб | [список файлов] |