Package: sga (0.10.15-5)

Links for sga

Debian Resources:

Download Source Package sga:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

De novo-genomsamler som bruger strenggrafer

Hovedformålet med SGA er at være meget hukommelseseffektivt, hvilket opnås ved at bruge en komprimeret repræsentation af DNA-sekvenslæsninger.

SGA er en novo-samler for DNS-sekvenslæsninger. Programmet er baseret på Gene Myers' strenggrafformulation af samling og bruger FM-index/Burrows-Wheeler-transform til effektivt at finde overlapninger mellem sekvenslæsninger.

Other Packages Related to sga

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

Package not available

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]

dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: python3-pysam

Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
dep: python3-ruffus

Python 3-bibliotek til beregning af datakanaler brugt indenfor bioinformatik
dep: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger

Download sga

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	815.0 kB	2,443.0 kB	[list of files]
arm64	591.0 kB	1,747.0 kB	[list of files]
armel	573.9 kB	1,710.0 kB	[list of files]
armhf	603.8 kB	1,258.0 kB	[list of files]
i386	878.4 kB	2,634.0 kB	[list of files]
mips64el	750.3 kB	3,008.0 kB	[list of files]
mipsel	788.6 kB	2,954.0 kB	[list of files]
ppc64el	677.1 kB	2,239.0 kB	[list of files]