Package: r-cran-alakazam (1.3.0-1 and others)

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Similar packages:

analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline

Alakazam fa parte dell'infrastruttura di analisi Immcantation per AIRR-seq (Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing) e fornisce un insieme di strumenti per investigare linee clonali, diversità, uso di geni e altre proprietà a livello di repertorio dei recettori di linfociti, con particolare attenzione al sequenziamento ad alte prestazioni di immunoglobuline (Ig).

Alakazam ha 5 scopi principali:

 * Fornire funzionalità di base per altri pacchetti R nell'infrastruttura
   Immcantation. Ciò include compiti comuni come I/O su file, manipolazione
   di base di sequenze di DNA e interazione con segmenti V(D)J e annotazioni
   di geni.
 * Fornire un'interfaccia R per interagire con l'output delle suite di
   strumenti pRESTO e Change-O.
 * Effettuare ricostruzioni di linee su popolazioni clonali di sequenze di
   Ig e analizzare la topologia degli alberi delle linee risultanti.
 * Effettuare analisi di abbondanza e diversità clonali su repertori
   linfocitari.
 * Effettuare analisi di proprietà fisico-chimiche delle sequenze dei
   recettori linfocitari.

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dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

libreria di supporto a GCC
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Package not available
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not m68k, sparc64, x32]

libreria GNU Standard C++, versione 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

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dep: r-api-3.5 [m68k]

Package not available
dep: r-api-4.0 [not m68k]

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nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

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dep: r-base-core (>= 4.2.1-2) [x32]
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0) [not m68k, sparc64]

oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0) [not m68k, sparc64]

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Download r-cran-alakazam

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.0-1	2,357.8 kB	2,916.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.0-1	2,362.0 kB	2,845.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.0-1	2,356.8 kB	2,853.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.3.0-1	2,360.1 kB	2,849.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.3.0-1	2,368.7 kB	2,948.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.3.0-1	1,706.4 kB	2,053.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.0-1	2,356.0 kB	2,859.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.0-1	2,362.4 kB	2,918.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.0-1	2,361.4 kB	2,917.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.0-1+b1	2,364.5 kB	2,821.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.0-1	2,360.8 kB	2,845.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.3.0-1	2,367.9 kB	2,851.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.2-1	1,855.4 kB	2,252.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.2.1-1	2,352.5 kB	2,830.0 kB	[list of files]