Pakiet: r-cran-alakazam (1.3.0-1 i inne)

Odnośniki dla r-cran-alakazam

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego r-cran-alakazam:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [cran.r-project.org]

Podobne pakiety:

Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Inne pakiety związane z r-cran-alakazam

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.11) [mips64el, ppc64, s390x]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Pakiet niedostępny
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie m68k, sparc64, x32]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: r-api-3.5 [m68k]

Pakiet niedostępny
dep: r-api-4.0 [nie m68k]

pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core
dep: r-base-core (>= 3.6.1-2) [m68k]

GNU R core of statistical computation and graphics system

dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.1-2) [x32]
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0) [nie m68k, sparc64]

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0) [nie m68k, sparc64]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2) [nie m68k, sparc64]

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-cran-airr (>= 1.3) [x32]

GNU R AIRR data representation reference library

dep: r-cran-airr (>= 1.4.1) [nie m68k, sparc64, x32]
dep: r-cran-ape [nie m68k]

GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution
dep: r-cran-dplyr (>= 0.8.3) [sparc64]

GNU R grammar of data manipulation

dep: r-cran-dplyr (>= 1.0) [nie m68k, sparc64]
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0) [sparc64]

implementation of the Grammar of Graphics

dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.4) [x32]

dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [nie m68k, sparc64, x32]
dep: r-cran-igraph (>= 1.0) [x32]

GNU R network analysis and visualization

dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0) [sparc64]

dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0) [nie m68k, sparc64, x32]
dep: r-cran-lazyeval [sparc64]

GNU R lazy (non-standard) evaluation
dep: r-cran-matrix [sparc64]

GNU R package of classes for dense and sparse matrices

dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0) [nie m68k, sparc64]
dep: r-cran-progress [nie m68k]

GNU R terminal progress bars
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12) [nie m68k]

GNU R package for Seamless R and C++ Integration
dep: r-cran-readr [nie m68k]

GNU R package to read rectangular text data
dep: r-cran-rlang [nie m68k]

Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
dep: r-cran-scales [nie m68k]

Scale functions for visualization
dep: r-cran-seqinr [nie m68k]

GNU R biological sequences retrieval and analysis
dep: r-cran-stringi [nie m68k]

GNU R character string processing facilities
dep: r-cran-tibble [nie m68k]

GNU R Simple Data Frames
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0) [nie m68k, sparc64]

GNU R package to easily tidy data

dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0) [sparc64]

sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

Pobieranie r-cran-alakazam

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.3.0-1	2 357,8 KiB	2 916,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.3.0-1	2 362,0 KiB	2 845,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.0-1	2 356,8 KiB	2 853,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.3.0-1	2 360,1 KiB	2 849,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.3.0-1	2 368,7 KiB	2 948,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.3.0-1	1 706,4 KiB	2 053,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.0-1	2 356,0 KiB	2 859,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.3.0-1	2 362,4 KiB	2 918,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.0-1	2 361,4 KiB	2 917,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.3.0-1+b1	2 364,5 KiB	2 821,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.0-1	2 360,8 KiB	2 845,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.3.0-1	2 367,9 KiB	2 851,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.0.2-1	1 855,4 KiB	2 252,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.1-1	2 352,5 KiB	2 830,0 KiB	[lista plików]