Paquet : r-cran-alakazam (1.3.0-1 et autres)

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Page d'accueil [cran.r-project.org]

Paquets similaires :

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Autres paquets associés à r-cran-alakazam

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.11) [mips64el, ppc64, s390x]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Paquet indisponible
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non m68k, sparc64, x32]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: r-api-3.5 [m68k]

Paquet indisponible
dep: r-api-4.0 [non m68k]

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-base-core (>= 3.6.1-2) [m68k]

noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.1-2) [x32]
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0) [non m68k, sparc64]

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0) [non m68k, sparc64]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2) [non m68k, sparc64]

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
dep: r-cran-airr (>= 1.3) [x32]

GNU R AIRR data representation reference library

dep: r-cran-airr (>= 1.4.1) [non m68k, sparc64, x32]
dep: r-cran-ape [non m68k]

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution
dep: r-cran-dplyr (>= 0.8.3) [sparc64]

GNU R grammar of data manipulation

dep: r-cran-dplyr (>= 1.0) [non m68k, sparc64]
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0) [sparc64]

implementation of the Grammar of Graphics

dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.4) [x32]

dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [non m68k, sparc64, x32]
dep: r-cran-igraph (>= 1.0) [x32]

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dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0) [sparc64]

dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0) [non m68k, sparc64, x32]
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Scale functions for visualization
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GNU R biological sequences retrieval and analysis
dep: r-cran-stringi [non m68k]

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GNU R Simple Data Frames
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0) [non m68k, sparc64]

GNU R package to easily tidy data

dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0) [sparc64]

sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

Télécharger r-cran-alakazam

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.3.0-1	2 357,8 ko	2 916,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.3.0-1	2 362,0 ko	2 845,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.0-1	2 356,8 ko	2 853,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.3.0-1	2 360,1 ko	2 849,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 368,7 ko	2 948,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.3.0-1	1 706,4 ko	2 053,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.0-1	2 356,0 ko	2 859,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 362,4 ko	2 918,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.0-1	2 361,4 ko	2 917,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.0-1+b1	2 364,5 ko	2 821,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.0-1	2 360,8 ko	2 845,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 367,9 ko	2 851,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.2-1	1 855,4 ko	2 252,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.1-1	2 352,5 ko	2 830,0 ko	[liste des fichiers]