Paket: maffilter (1.3.1+dfsg-2 und andere)

Links für maffilter

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket maffilter herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Andreas Tille (QS-Seite)
Julien Dutheil (QS-Seite)
Pranav Ballaney (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [jydu.github.io]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Andere Pakete mit Bezug zu maffilter

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

Boost.Iostreams-Bibliothek
dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

Bio++ Core library
dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

Bio++ Phylogenetics library: genomics components
dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

Bio++ Phylogenetic library
dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

Bio++ Sequence library: genomics components
dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

Bio++ Sequence library
dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.2) [mips64el, mipsel, s390x]

dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 9) [nicht armel, armhf]

sug: maffilter-examples

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

maffilter herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.3.1+dfsg-2+b1	255,5 kB	1.321,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.1+dfsg-2+b1	235,9 kB	1.281,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.3.1+dfsg-2+b1	218,3 kB	1.148,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.3.1+dfsg-2+b1	223,5 kB	1.020,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.3.1+dfsg-2+b1	262,6 kB	1.300,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.3.1+dfsg-2+b1	220,0 kB	1.456,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	1.3.1+dfsg-2+b1	222,4 kB	1.385,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.1+dfsg-2+b1	254,2 kB	1.433,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.1+dfsg-2+b1	234,7 kB	1.333,0 kB	[Liste der Dateien]