[ Quellcode: nanopolish ]
Paket: nanopolish (0.14.0-1)
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Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]
- GCC Support-Bibliothek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libhdf5-103-1
- Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
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- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: python3-biopython
- Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
nanopolish herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| amd64 | 2.150,9 kB | 9.355,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 2.084,4 kB | 9.218,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armel | 2.082,3 kB | 9.345,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armhf | 2.096,9 kB | 8.961,0 kB | [Liste der Dateien] |
| i386 | 2.167,9 kB | 9.441,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 2.110,5 kB | 9.655,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mipsel | 2.128,5 kB | 9.647,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 2.159,1 kB | 9.667,0 kB | [Liste der Dateien] |