Пакет: nanopolish (0.14.0-1)

Ссылки для nanopolish

Ресурсы Debian:

Исходный код nanopolish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-103-1

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 11)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

утилита управления компиляцией
sug: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2 150,9 Кб	9 355,0 Кб	[список файлов]
arm64	2 084,4 Кб	9 218,0 Кб	[список файлов]
armel	2 082,3 Кб	9 345,0 Кб	[список файлов]
armhf	2 096,9 Кб	8 961,0 Кб	[список файлов]
i386	2 167,9 Кб	9 441,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2 110,5 Кб	9 655,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2 128,5 Кб	9 647,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2 159,1 Кб	9 667,0 Кб	[список файлов]