Paket: nanopolish (0.13.2-3)

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Homepage [github.com]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nicht armel, armhf, mipsel, ppc64el]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-103-1

Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version
dep: libhts3 (>= 1.10)

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht arm64]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

rec: python3-biopython

Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung
sug: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

nanopolish herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.199,8 kB	9.539,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.130,2 kB	9.334,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.126,7 kB	9.405,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.141,1 kB	8.985,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.247,0 kB	9.797,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.140,4 kB	9.757,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	2.163,9 kB	9.796,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.202,2 kB	9.795,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.134,3 kB	9.626,0 kB	[Liste der Dateien]