Package: minimap2 (2.27+dfsg-1 and others)
Links for minimap2
Debian Resources:
Download Source Package minimap2:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser
Minimap2 er et alsidigt program til sekvenssammenligning for DNA- eller mRNA-sekvenser mod en stor referencedatabase. Typisk brug inkluderer: (1) oversættelse af PacBio- eller Oxford Nanopore-genomlæsninger til det menneskelige genom; (2) finde overlap mellem lange læsninger med fejlrater op til ~15%; (3) opdelt sammenligning af PacBio Iso-Seq eller Nanopore cDNA- eller Direct RNA-læsninger mod et referencegenom; (4) sammenligning af Illumina enkelte eller parrede læsninger; (5) samling til samling-sammenligning; (6) sammenligning af fuldt genom mellem to tæt relaterede arter med divergens under ~15%.
For ~10kb støjende læsningssekvenser er minimap2 ti gange hurtigere end væsentlige lang læsning-oversættere såsom BLASR, BWA-MEM, NGMLR og GMAP. Programmet er mere præcist på simulerede lange læsninger og fremstiller biologisk meningsfuld sammenligning klar til analyser. For >100bp Illumina-korte læsninger er minimap2 tre gange så hurtig som BWA-MEM og Bowtie2 og ligeså præcis på simulerede data. Detaljerede evalueringer er tilgængelige fra minimap2-søgeren eller fra forhåndsudskrivningen.
Other Packages Related to minimap2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [x32]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4, x32]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k]
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k]
Download minimap2
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 2.26+dfsg-1 | 404.5 kB | 575.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 2.27+dfsg-1 | 379.4 kB | 507.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.27+dfsg-1 | 370.6 kB | 511.0 kB | [list of files] |
| armel | 2.27+dfsg-1 | 388.8 kB | 550.0 kB | [list of files] |
| armhf | 2.27+dfsg-1 | 389.8 kB | 482.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 2.27+dfsg-1 | 411.8 kB | 579.0 kB | [list of files] |
| i386 | 2.27+dfsg-1 | 386.2 kB | 530.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 2.24+dfsg-3+b1 | 441.2 kB | 755.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 2.27+dfsg-1 | 387.3 kB | 558.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.27+dfsg-1 | 403.8 kB | 583.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 2.27+dfsg-1 | 409.7 kB | 639.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.27+dfsg-1 | 390.6 kB | 575.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 2.27+dfsg-1 | 410.4 kB | 519.0 kB | [list of files] |
| s390x | 2.27+dfsg-1 | 410.4 kB | 591.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 2.24+dfsg-3+b2 | 424.6 kB | 574.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 2.27+dfsg-1 | 392.5 kB | 1,345.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 2.24+dfsg-2+b1 | 374.5 kB | 493.0 kB | [list of files] |