パッケージ: minimap2 (2.27+dfsg-1 など)
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.
For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.
その他の minimap2 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29) [x32]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4, x32 以外]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, hppa, m68k 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k]
minimap2 のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 2.26+dfsg-1 | 404.5 kB | 575.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 2.27+dfsg-1 | 379.4 kB | 507.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 2.27+dfsg-1 | 370.6 kB | 511.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 2.27+dfsg-1 | 388.8 kB | 550.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 2.27+dfsg-1 | 389.8 kB | 482.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 2.27+dfsg-1 | 411.8 kB | 579.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 2.27+dfsg-1 | 386.2 kB | 530.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 2.24+dfsg-3+b1 | 441.2 kB | 755.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 2.27+dfsg-1 | 387.3 kB | 558.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 2.27+dfsg-1 | 403.8 kB | 583.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 2.27+dfsg-1 | 409.7 kB | 639.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 2.27+dfsg-1 | 390.6 kB | 575.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 2.27+dfsg-1 | 410.4 kB | 519.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 2.27+dfsg-1 | 410.4 kB | 591.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 2.24+dfsg-3+b2 | 424.6 kB | 574.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 2.27+dfsg-1 | 392.5 kB | 1,345.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 2.24+dfsg-2+b1 | 374.5 kB | 493.0 kB | [ファイル一覧] |