Пакет: prime-phylo (1.0.11-11 и други)

Връзки за prime-phylo

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник prime-phylo.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [prime.sbc.su.se]

Подобни пакети:

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Други пакети, свързани с prime-phylo

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libblas3

Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

или libblas.so.3

виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

serialization library for C++
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, x32]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [x32]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC support library
dep: liblapack3

Library of linear algebra routines 3 - shared version

или liblapack.so.3

виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.6) [alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [не alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не alpha]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-9) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

GNOME XML library
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
sug: treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

Изтегляне на prime-phylo

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.0.11-10+b1	751,7 кБ	3 724,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.0.11-11	825,5 кБ	3 220,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.0.11-11	734,7 кБ	3 379,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.0.11-11	695,0 кБ	2 648,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.0.11-11	707,0 кБ	2 092,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.0.11-11	818,0 кБ	3 309,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.0.11-11	884,5 кБ	3 176,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.0.11-11	892,6 кБ	5 266,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.0.11-11	789,0 кБ	2 992,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.0.11-11	691,4 кБ	3 788,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.0.11-11	817,3 кБ	4 212,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.0.11-11	820,6 кБ	3 891,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.0.11-11	809,1 кБ	2 623,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.0.11-11	798,7 кБ	3 247,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.0.11-11	908,2 кБ	3 255,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.0.11-11	671,9 кБ	13 517,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.0.11-11	832,6 кБ	2 940,0 кБ	[списък на файловете]