套件：prime-phylo（1.0.11-11 以及其他的）

prime-phylo 的相關連結

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下載原始碼套件 prime-phylo：

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外部的資源：

主頁 [prime.sbc.su.se]

相似套件：

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

其他與 prime-phylo 有關的套件

依賴

推薦

建議

增強

dep: libblas3

Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

或者 libblas.so.3

本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [除 x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

serialization library for C++
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [除 x32]

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4, x32]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [x32]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

GCC 支援函式庫

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 支援函式庫
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 支援函式庫
dep: liblapack3

Library of linear algebra routines 3 - shared version

或者 liblapack.so.3

本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.6) [alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [除 alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [除 alpha]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-9) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

GNOME XML library
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
sug: treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

下載 prime-phylo

下載可用於所有硬體架構的
硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.0.11-10+b1	751。7 kB	3，724。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.0.11-11	825。5 kB	3，220。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.0.11-11	734。7 kB	3，379。0 kB	[檔案列表]
armel	1.0.11-11	695。0 kB	2，648。0 kB	[檔案列表]
armhf	1.0.11-11	707。0 kB	2，092。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	1.0.11-11	818。0 kB	3，309。0 kB	[檔案列表]
i386	1.0.11-11	884。5 kB	3，176。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.0.11-11	892。6 kB	5，266。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	1.0.11-11	789。0 kB	2，992。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.0.11-11	691。4 kB	3，788。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.0.11-11	817。3 kB	4，212。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.0.11-11	820。6 kB	3，891。0 kB	[檔案列表]
riscv64	1.0.11-11	809。1 kB	2，623。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.0.11-11	798。7 kB	3，247。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	1.0.11-11	908。2 kB	3，255。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.0.11-11	671。9 kB	13，517。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	1.0.11-11	832。6 kB	2，940。0 kB	[檔案列表]