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pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

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amd64 3.0.1+ds-5 646。1 kB2,087。0 kB [檔案列表]
arm64 3.0.1+ds-5 551。8 kB1,911。0 kB [檔案列表]
ia64 (非官方移植版) 2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3 695。6 kB4,733。0 kB [檔案列表]
mips64el 3.0.1+ds-5 529。1 kB2,319。0 kB [檔案列表]
ppc64 (非官方移植版) 3.0.0+ds-2 458。7 kB1,831。0 kB [檔案列表]
ppc64el 3.0.1+ds-5 633。6 kB2,359。0 kB [檔案列表]
riscv64 3.0.1+ds-5+b1 620。9 kB1,560。0 kB [檔案列表]
sparc64 (非官方移植版) 3.0.1+ds-2 473。3 kB2,111。0 kB [檔案列表]