[ Source: stacks ]
Пакунок: stacks (2.66+dfsg-1 and others)
Links for stacks
Debian Resources:
Download Source Package stacks:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [creskolab.uoregon.edu]
Similar packages:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Інші пакунки пов'язані з stacks
|
|
|
|
-
- dep: bsdextrautils
- extra utilities from 4.4BSD-Lite
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libdbi-perl
- Perl-інтерфес до базданих (DBI)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]
- Допоміжна бібліотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
also a virtual package provided by r-cran-littler
-
- sug: gdb
- GNU Debugger
also a virtual package provided by gdb-minimal
Завантажити stacks
| Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,154.6 kB | 5,807.0 kB | [список файлів] |
| arm64 | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,004.8 kB | 5,725.0 kB | [список файлів] |
| armel | 2.66+dfsg-1+b1 | 979.6 kB | 5,148.0 kB | [список файлів] |
| armhf | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,000.0 kB | 3,632.0 kB | [список файлів] |
| i386 | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,233.2 kB | 6,100.0 kB | [список файлів] |
| mips64el | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,062.3 kB | 7,443.0 kB | [список файлів] |
| ppc64el | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,123.6 kB | 7,005.0 kB | [список файлів] |
| s390x | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,104.7 kB | 6,049.0 kB | [список файлів] |