Paquet : stacks (2.68+dfsg-1)

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Paquets similaires :

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Autres paquets associés à stacks

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bsdextrautils

utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libdbi-perl

interface base de données en Perl (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, ppc64el, riscv64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 14)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

interface en ligne de commande et script GNU R – paquet de transition
un paquet virtuel est également fourni par r-cran-littler

sug: gdb

débogueur GNU

Télécharger stacks

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 229,7 ko	6 153,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 053,9 ko	5 829,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1 021,0 ko	5 341,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1 044,3 ko	3 781,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 299,2 ko	6 437,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1 102,8 ko	7 664,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 168,3 ko	7 109,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1 145,9 ko	4 405,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1 156,0 ko	6 289,0 ko	[liste des fichiers]