Пакет: spades (3.13.1+dfsg-2 и другие)

Ссылки для spades

Ресурсы Debian:

Исходный код spades:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [cab.spbu.ru]

Подобные пакеты:

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Реализовано на: Python, Пользовательский интерфейс: interface::commandline, role::program, Область: Утилита, Работает с: works-with::biological-sequence, works-with::file

Другие пакеты, относящиеся к spades

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhat-trie0

HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

nonlinear optimization library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 9)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-distutils

distutils package for Python 3.x
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-yaml

YAML parser and emitter for Python3
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

библиотека сжатия

Загрузка spades

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	3.13.1+dfsg-2+b2	4 664,7 Кб	22 622,0 Кб	[список файлов]