Pakiet: samtools (1.20-3 i inne)

Odnośniki dla samtools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego samtools:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.htslib.org]

Podobne pakiety:

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Samtools to zestaw narzędzi zarządzających dopasowaniami sekwencji nukleotydów w binarnym formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatów ascii SAM (Sequence Alignment/Map) i CRAM, sortuje, łączy i indeksuje, a także umożliwia szybkie pobieranie odczytów z dowolnych regionów. Został zaprojektowany do pracy na strumieniu i może otwierać plik BAM lub CRAM (ale nie w formacie SAM) na zdalnym serwerze FTP lub HTTP.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Sieć: Klient, Protokół sieciowy: FTP, protocol::http, role::program, Zakres: Narzędzie, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, use::calculating, Filtrowanie, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z samtools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [alpha, ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.20~) [nie alpha, ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala
dep: libtinfo6 (>= 6)

Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Pobieranie samtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	626,8 KiB	1 800,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.20-3	637,6 KiB	1 409,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.20-3	609,3 KiB	1 673,0 KiB	[lista plików]
armel	1.20-3	601,7 KiB	1 330,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.20-3	605,0 KiB	1 146,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.20-3	634,3 KiB	1 371,0 KiB	[lista plików]
i386	1.20-3	672,3 KiB	1 538,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	716,1 KiB	2 112,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.20-3	612,5 KiB	1 354,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.20-3	615,2 KiB	1 824,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.20-3	652,6 KiB	1 929,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.20-3	662,7 KiB	1 929,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.20-3	647,5 KiB	1 281,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.20-3	643,8 KiB	1 485,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.20-3	694,6 KiB	1 668,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.20-3	601,8 KiB	7 765,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.20-3	641,9 KiB	1 378,0 KiB	[lista plików]