[ Pakiet źródłowy: ugene ]
Pakiet: ugene (34.0+dfsg-2) [non-free]
Odnośniki dla ugene
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego ugene:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Steffen Moeller (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Olivier Sallou (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [ugene.unipro.ru]
Podobne pakiety:
integrated bioinformatics toolkit
Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.
Inne pakiety związane z ugene
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.30)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libgl1
- Biblioteka przesyłowa GL niezależna od dostawcy - obsługa starszej wersji GL
-
- dep: libglu1-mesa
- Mesa OpenGL utility library (GLU)
- lub libglu1
- pakiet wirtualny udostępniany przez libglu1-mesa
-
- dep: libqt5core5a (>= 5.15.1)
- Qt 5 core module
-
- dep: libqt5gui5 (>= 5.14.1)
- Qt 5 GUI module
- lub libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)
- Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant
-
- dep: libqt5network5 (>= 5.0.2)
- Qt 5 network module
-
- dep: libqt5opengl5 (>= 5.0.2)
- Qt 5 OpenGL module
-
- dep: libqt5printsupport5 (>= 5.0.2)
- Qt 5 print support module
-
- dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 script module
-
- dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 script tools module
-
- dep: libqt5sql5 (>= 5.0.2)
- Qt 5 SQL module
-
- dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 SVG module
-
- dep: libqt5test5 (>= 5.6.0~beta)
- Qt 5 test module
-
- dep: libqt5webchannel5 (>= 5.6.1)
- Web communication library for Qt
-
- dep: libqt5webenginewidgets5 (>= 5.14.1)
- Web content engine library for Qt - Widget
-
- dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)
- Qt 5 Web Sockets module
-
- dep: libqt5widgets5 (>= 5.15.1)
- Qt 5 widgets module
-
- dep: libqt5xml5 (>= 5.1.0)
- Qt 5 XML module
-
- dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)
- Biblioteka współdzielona SQLite 3
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: ugene-data
- required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- rec: bowtie
- Ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- rec: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
-
- rec: clustalo
- General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
-
- rec: clustalw
- global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
-
- rec: cutadapt
- Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
-
- rec: default-jre-headless
- Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
-
- rec: fastqc
- quality control for high throughput sequence data
-
- rec: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
-
- rec: hmmer
- profile hidden Markov models for protein sequence analysis
-
- rec: hmmer2
- profile hidden Markov models for protein sequence analysis
-
- rec: kalign
- Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
-
- rec: kraken
- assigning taxonomic labels to short DNA sequences
-
- rec: macs
- Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
-
- rec: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
-
- rec: mrbayes
- Bayesian Inference of Phylogeny
-
- rec: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
-
- rec: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
-
- rec: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
-
- rec: primer3
- tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
-
- rec: r-base
- System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej
-
- rec: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- rec: spades
- genome assembler for single-cell and isolates data sets
-
- rec: t-coffee
- Wielosekwencyjne wyrównanie
-
- rec: trimmomatic
- flexible read trimming tool for Illumina NGS data
-
- rec: vcftools
- Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF
-
- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Pobieranie ugene
| Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|
| amd64 | 16 464,7 KiB | 59 996,0 KiB | [lista plików] |