Pakiet: sga (0.10.15-5)

Odnośniki dla sga

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego sga:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Inne pakiety związane z sga

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

Pakiet niedostępny

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]

dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 9)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

Pobieranie sga

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	815,0 KiB	2 443,0 KiB	[lista plików]
arm64	591,0 KiB	1 747,0 KiB	[lista plików]
armel	573,9 KiB	1 710,0 KiB	[lista plików]
armhf	603,8 KiB	1 258,0 KiB	[lista plików]
i386	878,4 KiB	2 634,0 KiB	[lista plików]
mips64el	750,3 KiB	3 008,0 KiB	[lista plików]
mipsel	788,6 KiB	2 954,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	677,1 KiB	2 239,0 KiB	[lista plików]