Pakiet: sga (0.10.15-7 i inne)

Odnośniki dla sga

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego sga:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Inne pakiety związane z sga

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11) [nie riscv64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: abyss

Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

Pobieranie sga

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 KiB	2 432,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 KiB	1 792,0 KiB	[lista plików]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 KiB	1 727,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.10.15-7+b1	582,9 KiB	1 279,0 KiB	[lista plików]
i386	0.10.15-7+b1	876,3 KiB	2 607,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 KiB	3 062,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 KiB	2 304,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.10.15-7+b1	663,5 KiB	1 496,0 KiB	[lista plików]