pomiń nawigację

Packages

• About Debian
• Getting Debian
• Support
• Developers' Corner

 / Pakiety / bullseye (oldstable) / science / multiqc

[  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]

[ Pakiet źródłowy: multiqc  ]

Odnośniki dla multiqc

Zasoby systemu Debian:

• Raporty o błędach
• Developer Information
• Dziennik zmian w systemie Debian
• Informacje nt. praw autorskich
• Śledzenie łatek systemu Debian

Pobieranie pakietu źródłowego multiqc:

• [multiqc_1.9+dfsg-3.dsc]
• [multiqc_1.9+dfsg.orig-debian-tests-data.tar.xz]
• [multiqc_1.9+dfsg.orig.tar.xz]
• [multiqc_1.9+dfsg-3.debian.tar.xz]

Opiekunowie:

• Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
• Andreas Tille (Strona QA)
• Steffen Moeller (Strona QA)

Zasoby zewnętrzne:

• Strona internetowa [multiqc.info]

Podobne pakiety:

• berkeley-express
• berkeley-express-doc
• libtfbs-perl
• python-htseq
• python3-htseq
• ska
• fastqc
• r-bioc-dnacopy
• r-bioc-limma
• xpore
• libnanomsg5

Inne pakiety związane z multiqc

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

• dep: fonts-glyphicons-halflings

  icons made for smaller graphic

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS and JS framework

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjs-jquery-tablesorter

  jQuery flexible client-side table sorting plugin

• dep: libjs-jquery-ui

  JavaScript UI library for dynamic web applications

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-coloredlogs

  colored terminal output for Python 3's logging module

• dep: python3-distutils

  distutils package for Python 3.x

• dep: python3-future

  Clean single-source support for Python 3 and 2 - Python 3.x

• dep: python3-humanfriendly (>= 8.1-2)

  Python3 library to make user friendly text interfaces

• dep: python3-jinja2

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

• dep: python3-lzstring

  LZ-based compression algorithm for Python (Python 3 version)

• dep: python3-markdown

  text-to-HTML conversion library/tool (Python 3 version)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-requests

  Elegancka i prosta biblioteka HTTP dla Pythona 3, zbudowana dla ludzi

• dep: python3-simplejson

  simple, fast, extensible JSON encoder/decoder for Python 3.x

• dep: python3-spectra

  Easy color scales and color conversion for Python (Python 3 version)

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• rec: libjs-filesaver

  Client-side, HTML5 library for saving local files

• rec: node-clipboard

  Node.js module to copy to clipboard without flash

• rec: pandoc

  general markup converter

• rec: texlive-xetex

  TeX Live: XeTeX and packages

• enh: adapterremoval

  rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

• enh: afterqc

  Pakiet niedostępny

• enh: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• enh: bbmap

  short read aligner and other bioinformatic tools

• enh: bcftools

  Wywoływanie wariantów genomowych oraz zarządzanie plikami VCF i BCF

• enh: bcl2fastq

  Pakiet niedostępny

• enh: biobambam2

  tools for early stage alignment file processing

• enh: biobloomtools

  Pakiet niedostępny

• enh: biscuit

  Pakiet niedostępny

• enh: bismark

  Pakiet niedostępny

• enh: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• enh: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• enh: busco

  Porównywanie zestawów uniwersalnych ortologów jednokopiowych

• enh: clipandmerge

  Pakiet niedostępny

• enh: clusterflow

  Pakiet niedostępny

• enh: conpair

  Pakiet niedostępny

• enh: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• enh: damageprofiler

  Pakiet niedostępny

• enh: dedup

  Pakiet niedostępny

• enh: deeptools

  Pakiet niedostępny

• enh: disambiguate

  Pakiet niedostępny

• enh: dragen

  Pakiet niedostępny

• enh: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• enh: fastq-screen

  Pakiet niedostępny

• enh: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• enh: featurecounts

  Pakiet niedostępny

• enh: fgbio

  Pakiet niedostępny

• enh: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• enh: flexbar

  flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

• enh: gatk

  Pakiet niedostępny

• enh: goleft-indexcov

  Pakiet niedostępny

• enh: happy

  Parser generator for Haskell

• enh: hicexplorer

  Pakiet niedostępny

• enh: hicpro

  Pakiet niedostępny

• enh: hicup

  Pakiet niedostępny

• enh: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• enh: homer

  Pakiet niedostępny

• enh: htseq

  Pakiet niedostępny

• enh: interop

  Pakiet niedostępny

• enh: ivar

  functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

• enh: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• enh: kaiju

  Pakiet niedostępny

• enh: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• enh: kat

  Pakiet niedostępny

• enh: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• enh: leehom

  Pakiet niedostępny

• enh: longranger

  Pakiet niedostępny

• enh: macs2

  Pakiet niedostępny

• enh: malt

  Pakiet niedostępny

• enh: methylqa

  Pakiet niedostępny

• enh: minionqc

  Pakiet niedostępny

• enh: mirtop

  annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

• enh: mirtrace

  Pakiet niedostępny

• enh: mosdepth

  BAM/CRAM depth calculation biological sequencing

• enh: mtnucratio

  Pakiet niedostępny

• enh: multivcfanalyzer

  Pakiet niedostępny

• enh: peddy

  Pakiet niedostępny

• enh: phantompeakqualtools

  Pakiet niedostępny

• enh: picard-tools

  Command line tools to manipulate SAM and BAM files

• enh: preseq

  Pakiet niedostępny

• enh: prokka

  Szybka adnotacja genomów prokariotycznych

• enh: pycoqc

  computes metrics and generates Interactive QC plots

• enh: qorts

  Pakiet niedostępny

• enh: qualimap

  Pakiet niedostępny

• enh: quast

  Pakiet niedostępny

• enh: rna-seqc

  Pakiet niedostępny

• enh: rna-star

  ultrafast universal RNA-seq aligner

• enh: rockhopper

  Pakiet niedostępny

• enh: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• enh: rseqc

  Pakiet niedostępny

• enh: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• enh: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• enh: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• enh: sargasso

  Pakiet niedostępny

• enh: seqyclean

  Pakiet niedostępny

• enh: sexdeterrmine

  Pakiet niedostępny

• enh: sickle

  windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality

• enh: skewer

  post-processing of high-throughput DNA sequence reads

• enh: slamdunk

  Pakiet niedostępny

• enh: snpeff

  Pakiet niedostępny

• enh: snpsplit

  Pakiet niedostępny

• enh: somalier

  Pakiet niedostępny

• enh: sortmerna

  tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

• enh: stacks

  pipeline for building loci from short-read DNA sequences

• enh: supernova

  Pakiet niedostępny

• enh: theta2

  Pakiet niedostępny

• enh: tophat

  Pakiet niedostępny

• enh: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

• enh: varscan2

  Pakiet niedostępny

• enh: vcftools

  Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF

• enh: verifybamid

  Pakiet niedostępny

Pobieranie multiqc

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	541,2 KiB	2 421,0 KiB	[lista plików]