Pakiet: fastahack (1.0.0+dfsg-7)

Odnośniki dla fastahack

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego libfastahack:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA

Fastahack to mały program do indeksowania oraz wyodrębniania sekwencji i podsekwencji z plików FASTA. Dołączona biblioteka Fasta.cpp dostarcza czytnik i indeksator FASTA, nadający się do osadzania w aplikacjach, które mogą skorzystać na bezpośrednim odczytywaniu podsekwencji z plików FASTA. Biblioteka ta automatycznie obsługuje generowanie i używanie plików indeksowych.

Właściwości:

 * generowanie indeksu FASTA (.fai) dla plików FASTA;
 * ekstrakcja sekwencji;
 * ekstrakcja podsekwencji;
 * statystyka sekwencji (obecnie dostępna jest tylko entropia).

Ekstrakcja sekwencji i podsekwencji wykorzystuje fseek64, aby zapewnić najszybszą możliwą ekstrakcję bez operacji ładowania plików intensywnie obciążających pamięć RAM. Z tego powodu fasthack jest użytecznym narzędziem dla bioinformatyków, którzy potrzebują szybko wyodrębnić wiele podsekwencji z referencyjnej sekwencji FASTA.

Inne pakiety związane z fastahack

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]
dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

library for entropy measurement of byte streams
dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [nie amd64, arm64, mips64el, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie fastahack

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	12,1 KiB	40,0 KiB	[lista plików]
arm64	11,5 KiB	40,0 KiB	[lista plików]
armel	11,5 KiB	35,0 KiB	[lista plików]
armhf	11,5 KiB	35,0 KiB	[lista plików]
i386	12,5 KiB	43,0 KiB	[lista plików]
mips64el	11,8 KiB	41,0 KiB	[lista plików]
mipsel	11,8 KiB	40,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	12,1 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
s390x	11,7 KiB	40,0 KiB	[lista plików]