Package: fastahack (1.0.0+dfsg-7)

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Similar packages:

utilità per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA

fastahack è una piccola applicazione per indicizzare ed estrarre sequenze e sottosequenze da file FASTA. La libreria inclusa Fasta.cpp fornisce un lettore e indicizzatore FASTA che può essere incorporato in applicazioni che beneficerebbero dalla lettura diretta di sottosequenze da file FASTA. La libreria gestisce automaticamente la generazione e l'uso di file indice.

Funzionalità:

 * generazione di indici FASTA (.fai) per file FASTA;
 * estrazione di sequenze;
 * estrazione di sottosequenze;
 * statistiche sulle sequenze (attualmente viene fornita solo l'entropia).

L'estrazione di sequenze e sottosequenze usa fseek64 per fornire l'estrazione più veloce possibile senza operazioni di caricamento di file che fanno un uso intensivo della RAM. Ciò rende fastahack un utile strumento per bioinformatici che hanno bisogno di estrarre velocemente molte sottosequenze da una sequenza FASTA di riferimento.

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libreria per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA (libreria)

dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [not amd64, arm64, mips64el, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

libreria GNU Standard C++, versione 3

Download fastahack

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	12.1 kB	40.0 kB	[list of files]
arm64	11.5 kB	40.0 kB	[list of files]
armel	11.5 kB	35.0 kB	[list of files]
armhf	11.5 kB	35.0 kB	[list of files]
i386	12.5 kB	43.0 kB	[list of files]
mips64el	11.8 kB	41.0 kB	[list of files]
mipsel	11.8 kB	40.0 kB	[list of files]
ppc64el	12.1 kB	84.0 kB	[list of files]
s390x	11.7 kB	40.0 kB	[list of files]