Pakiet: tiddit (3.5.2+dfsg-1)

Odnośniki dla tiddit

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego tiddit:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Inne pakiety związane z tiddit

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [nie arm64, ppc64el]
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.12)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Pobieranie tiddit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	265,3 KiB	1 151,0 KiB	[lista plików]
arm64	213,8 KiB	1 187,0 KiB	[lista plików]
armel	222,8 KiB	965,0 KiB	[lista plików]
armhf	225,4 KiB	677,0 KiB	[lista plików]
i386	246,9 KiB	1 069,0 KiB	[lista plików]
mips64el	199,6 KiB	1 332,0 KiB	[lista plików]
mipsel	201,2 KiB	1 242,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	228,7 KiB	1 315,0 KiB	[lista plików]