パッケージ: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 など)
python3-dna-jellyfish に関するリンク
Debian の資源:
jellyfish ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Shaun Jackman (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Michael R. Crusoe (QA ページ)
- Étienne Mollier (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [www.genome.umd.edu]
類似のパッケージ:
count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
This package contains the Python bindings of jellyfish.
その他の python3-dna-jellyfish 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [ia64 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, riscv64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [ia64 以外]
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
- dep: python3 (<< 3.10) [ia64]
- dep: python3 (<< 3.13) [ia64 以外]
- dep: python3 (>= 3.11~) [ia64 以外]
- dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]
python3-dna-jellyfish のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3.1-3+b4 | 65.1 kB | 326.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 2.3.1-3+b4 | 62.5 kB | 438.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 2.3.1-2+b1 | 74.2 kB | 384.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 2.3.0-12 | 67.0 kB | 280.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 2.3.1-3+b4 | 60.0 kB | 452.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 2.3.1-3+b4 | 66.7 kB | 438.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 2.3.1-3+b4 | 68.2 kB | 286.0 kB | [ファイル一覧] |