パッケージ: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 など)

python3-dna-jellyfish に関するリンク

Debian の資源:

jellyfish ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [www.genome.umd.edu]

類似のパッケージ:

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

その他の python3-dna-jellyfish 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.12~)

python3-dna-jellyfish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.3.1-3+b5	54.1 kB	183.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.1-3+b5	51.6 kB	239.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.1-3+b5	51.6 kB	246.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.1-3+b5	56.3 kB	239.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.1-3+b5	55.2 kB	163.0 kB	[ファイル一覧]